明代名医万全著有《幼科发挥》《育婴秘诀》《片玉心书》等儿科专著，其中《育婴秘诀》一书详细论述了育婴四法，即“预养以培其元，胎养以保其真，蓐养以防其变，鞠养以慎其疾”。其中，预养指孕育之前的培元之道，提出不可乱服壮阳、暖宫之药，男子慎养其精，女子静养其血，交合时需“二情交畅”等要领，强调首重先天；胎养即养胎护胎之道，提出调喜怒、节嗜欲、作劳不妄、节五味之食、不可妄投药饵等要领；蓐养即围生期保健，介绍了回气、拭口、浴儿、断脐、嗜儿、解胎毒等方法；鞠养即婴幼儿期保健，强调饮食和寒温调节在疾病预防中的重要性。这是较为完备的儿童年龄分期保健。明代秦昌遇所撰《幼科折衷》载有“古庙凶祠不可入，入之则神惊；狂禽异兽不可戏，戏之则神恐；斗争之处不可近，近之则心偏；枯木大树之下不可息，防久阴之气触人”的儿童心理保健注意事项。明代龚廷贤编撰的《小儿推拿秘旨》曰：“且小儿在胎，母饥亦饥，母饱亦饱。辛辣适口，胎气随热，情欲动中，胎息辍躁。或多食煎煿，恣味辛酸，嗜欲无节，喜怒不常，皆能令儿受患。”强调胎儿与孕母是个整体，胎儿期保健的重点是孕母。明代张介宾《景岳全书·小儿则上·药饵之误》曰：“小儿气血未充，而一生盛衰之基，全在幼时，此饮食之宜调，而药饵尤当慎也。”认为幼儿用药应当谨慎，指出一生健康的根基在于幼时，而这个时期的小儿气血不足，身体功能尚不健全，易受药毒之害，所以饮食调节最为重要。

清代骆如龙《幼科推拿秘书》中记载有保生歌：“要得小儿安，常带饥与寒……保养常如法，灾病自无干。”熊应雄《小儿推拿广意》中以歌诀的形式告诉人们如何合理喂养和日常调护，言“养子须调护，看承莫纵驰。乳多终损胃，食壅即伤脾。衾浓非为益，衣单正所宜。无风频见日，寒暑顺天时”，进一步完善了儿童保健学内容。清代夏鼎在《幼科铁镜》一书中指出父母对待孩子不应过度溺爱，饥饱不均、寒冷不当多会伤及肺脾。还记载了孕母作息、饮食、性情、感邪等因素致使小儿发病情况，并提出中药和方剂治疗，如因孕母“喜睡火炕，好食煎炒”导致小儿胎热，应予连翘、伏龙肝、车前煎服，或用大连翘饮。清代陈复正《幼幼集成》对儿科常见病的证治进行了系统的归纳，对先天禀赋不足而致疾病曰：“儿之初生有病，亦惟胎弱、胎毒二者而已矣。胎弱者，禀受于气之不足也。子于父母，一体而分，而禀受不可不察。如禀肺气为皮毛，肺气不足，则皮薄怯寒，毛发不生……此皆胎禀不足之故也。”清代沈金鳌在《幼科释谜》中从儿童保健角度提出用药原则：“芽儿脏气未全，不胜药力。周岁内，非重症，勿轻易投药，须酌法治之。即两三岁内，形气毕竟嫩弱，用药亦不可太猛，峻攻骤补，反受药累。”认为小儿就如同初冒的幼芽，脏腑之气尚未完善，无法耐受药力。一周岁以内，不是重症，不要轻易给药，需要考虑适当的方法医治。直到两三岁，小儿脏腑娇嫩，用药也不可太猛，峻攻骤补反使小儿被药物所累。清代程文囿所著《医述》对于婴儿患病服药提出：“乳下婴儿有病，必调其母，母病子病，母安子安。儿难服药，当令其母服之，药从乳传，其效便捷。”主张婴儿服药困难，由乳母服药，药从乳汁传给乳儿。清代程康圃《儿科秘要》中也指出：“小儿有病服药必告其乳母戒口、食素。若不忌肥腻荤腥者，则服药不效，寒证者戒其寒凉，热证者戒其燥热之物。一一告之，粉面、寒滞、生冷、瓜果、薯芋等物，有病俱戒。”主张小儿患病的治疗与乳母密不可分，小儿患病则要求母乳忌肥腻荤腥，寒证者乳母忌寒凉之物，热证者乳母忌燥热之品，否则用药效果易不明显。

明清时期，由于天花、麻疹等传染病流行，儿科医家采取了很多针对传染病的有效的预防措施。如《痘疹金镜赋集解》记载明隆庆年间宁国府太平县的人痘接种法，《博集稀痘方论》载有稀痘方，《三冈识略》载有痘衣法，均运用于天花的预防。我国的人痘接种法也流传到俄罗斯、朝鲜、日本、土耳其及欧非各国，较英国琴纳发明牛痘接种早200多年，是世界免疫学发展的先驱。

此期对儿童年龄分期的保健有了进一步完善，对心理保健、疾病用药注意事项、疾病预防尤其是传染病的防治有了一定的认识，故为儿童保健学的发展期。