保宁开始其中亚考察后，中国的政治形势急剧发生变化。山东、河南一带的义和拳组织，从1899年1月开始大规模反对外国人。保宁结束了在中国西南的第一阶段考察后，于1899年2月到达上海。保宁在上海逗留期间，一面观察中国的政治局势，一面为即将到来的长途考察做准备。

1899年2月20日，保宁从上海给碑铭学院院士、巴黎文献学院历史学教授亚瑟·纪里（Arthur Giry，1848—1899）写了一封信，介绍他的考察计划。纪里是保宁上大学期间的导师，是法国中世纪史研究领域的权威。保宁给纪里写信的目的，是想让纪里向碑铭学院进言，争取继续获得嘉尔业基金的资助。保宁致纪里信的主要段落如下：

我将一路前行去北京，再途经蒙古踏上中亚的道路。我希望，我的旅行的这第二部分行程也同样是卓有成效的，有助于我对蒙古文物的研究。我以前曾汇报过关于成吉思汗陵墓的有关消息，碑铭学与美文学科学院在我离开前非常想要听到关于这方面的消息。我希望能在这方面做很多事情，如果到那时动乱的局势还没有扩延开来的话。两天前，这是真的，我收到一份所谓的快电，上面说，在我必须要穿越的甘肃，形势变得非常动荡。不过，处处都是动荡不安的局势，我也不会冒着更大的危险四处乱跑。我的惟一愿望就是，要带头前进，直到委托给我的考察任务圆满结束时为止，不管会遇到怎样的困难。

我指望着碑铭学与美文学科学院一如既往地对我加以信任，直到结束时，而同时我也将坚守我的正义信念。我是目前出现在中国的惟一一位欧洲旅行家。而对于旅行家来说，局势会恢复的，会变得越来越有利^[18]。

纪里收到这封信后，将之转达给碑铭学院。在碑铭学院于1899年4月14日召开的会议上，宣读了保宁的这封信。在《碑铭学院纪要》第43年（1899年卷）第2期上，刊布了这封信的全文。在刊布信文之前，加上一段按语说：“纪里先生向碑铭学与美文学科学院传达了他收到的一封寄自西藏考察团团长夏尔-厄德斯·保宁先生的如下信件。”^[19]

保宁在上海逗留期间，还将他在中国西南获得的两箱子搜集品寄回了碑铭学院。碑铭学院定于1899年3月29日召开的会议上，宣读了保宁寄回的一封信。据《碑铭学院纪要》报道说：

宣读了去上海的副驻扎官夏-厄德斯·保宁先生的一封信。他在信中宣布：（1）已经将一只箱子寄回了法兰西，内装在他旅行第一阶段搜集到的人种志搜集品；（2）即将寄回一份关于倮倮人（Lolos）的研究成果。此外，保宁先生还说明了他对其中亚旅行最初前进路线的变更。

这封信被转给本诺特·嘉尔业基金（fondation BenoGarnier）委员会^[20]。

由此可知，保宁于1899年春季从上海寄回巴黎的两箱子搜集品，是在中国西南地区考察期间获得的搜集品及其考察成果。

保宁离开上海后，于1899年4月到达北京，为横穿亚洲的旅行做准备。4月底，保宁从北京出发，经归化城（内蒙古呼和浩特），至黄河边上的托克托，再沿黄河行至甘肃省宁夏府（今宁夏银川）。保宁在宁夏府逗留期间，获得《岳飞诗碑》（即《岳飞送张紫岩北伐诗碑》、《武穆诗碑》等）的拓片，上刻南宋名将岳飞（鹏举，1103—1142）于绍兴五年（1135）书送张浚（紫岩，1097—1164）北伐的五律一首，明万历三十四年（1606）宁夏总兵萧如蕙在宁夏镇城东北隅建岳武穆庙时，为鼓励将士而镌刻此碑，放置于庙内。

保宁离开宁夏府后，将《岳飞诗碑》拓片和一篇关于景教的短文《古代中亚涅斯托利派（景教）基督教徒》（Anciennes chrétientés nestoriennes en Asie centrale）寄给了法国教育部部长乔治·莱格（Georges Leygues，1856—1933，1898—1902在任），莱格于1899年秋将拓片和文章转寄给了碑铭学院。碑铭学院于1899年11月3日召开的会议上，介绍了保宁寄来的考察成果。据《碑铭学院纪要》记载：

公共教育与美术部部长先生代表科学考察队队长夏-厄·保宁先生，给碑铭学与美文学科学院转来一篇题为《古代中亚涅斯托利派（景教）基督教徒》的短文，同时还转来这位旅行家在宁夏府制作的一通碑铭拓片。关于这通碑铭拓片，他提供了以下细节：

“带有这些文字的石碑，被保存在一座佛塔里，而这座塔本身并没有提供任何的考古学情趣。该碑是在城门附近被找到的，有人将它和石头一起用大车运走，其两侧有两个戎装战士雕像。不过，我还是相信，从碑铭史的角度看，这件碑铭本身可以提供一点有趣的实证。”

转给本诺特·嘉尔业基金委员会^[21]。

保宁离开宁夏府后，横穿阿拉善沙漠，进入河西走廊，到达甘肃省凉州府（今甘肃武威），沿途对厄鲁特蒙古部落进行了民族学方面的调查。

在凉州府，保宁为明嘉靖四十二年（1563）刻《重修大云寺碑记》（又称《1563年碑》等）、清康熙三十六年（1697）刻《结社题石》（又称《1697年碑》等）制作了拓片。保宁造访大云寺期间，热衷于寻访碑拓，但却没有为更重要的西夏天祐民安五年（北宋绍圣元年，1094）刻汉—西夏语双语石碑《重修护国寺感应塔碑》制作拓片，原因不明。

保宁在凉州府逗留数日后，南越祁连山脉至青海，对塔尔寺进行了一段时间的考察和研究，然后再北越祁连山脉，至甘州府（今甘肃张掖），再至肃州直隶州（今甘肃酒泉），考察喀拉湖与北山，再经安西直隶州（今甘肃瓜州），于1899年9月末达到敦煌县（今甘肃敦煌市）访问。