19世纪中叶，英、俄两国加紧对中亚地区的殖民争夺，并觊觎我国的新疆。清同治四年（1865年），在英国的支持下，中亚浩罕汗国（在今乌兹别克斯坦费尔干纳地区）的军事头目阿古柏侵入新疆，自立为“汗”，随后侵占了南疆全部区域与北疆的部分地区。清同治十年（1871年），俄国又出兵占领了伊犁，新疆面临被肢解的威胁。

在陕甘总督左宗棠等人的积极推动下，清光绪元年（1875年）三月，清政府采纳重视“塞防”、收复失地的意见，任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务，决定收复新疆。左宗棠鉴于新疆偏远、交通不便的实际情况，战前采取屯田积谷、采运军粮、购置枪炮弹药等措施，同时，整顿、编组了一支6万余人的作战部队。

次年三月，左宗棠将驻地从兰州移到肃州（今甘肃酒泉），又根据新疆的地理特点和敌我态势，制定“先北后南，缓进急战”的作战方针，命道员刘锦棠总理战前行营营务。四月，刘锦棠率军向北疆进军，提督徐占彪和张曜各率所部驻守巴里坤至哈密一线，防敌北窜东逃。刘锦棠与金顺带领军队攻克古牧地（今新疆米泉），并乘胜收复迪化（今新疆乌鲁木齐），这支军队一路势如破竹，令盘踞昌吉、呼图壁与玛纳斯北城的守军闻风丧胆，如惊弓之鸟，弃城而逃，玛纳斯南城之敌负隅顽抗，也于九月二十一日，被清军攻克。至此，平定除伊犁外的整个北疆地区。十月塞外天寒，大雪封山，清军便停止进攻，驻扎休整，筹集粮食，以待明年再战。

清光绪三年（1877年）三月，左宗棠指挥清军分三路进攻南疆：刘锦棠率军从迪化南进攻达坂城；张曜与徐占彪分出哈密与巴里坤，于盐池会合后攻打辟展（今新疆鄯善）和吐鲁番。至月底，清军先后攻克达坂城、托克逊、吐鲁番等地，打开了通向南疆的门户。阿古柏听闻后，气急攻心，绝望自杀（有说暴病而亡，有说服毒而死），其子伯克·胡里继位，企图负隅顽抗，但败局已定。刘锦棠带领军队长驱直下，顺利收复南疆各城。至此，整个新疆除沙俄侵占的伊犁地区外，全部回到祖国的怀抱。

↘《新疆设省谕旨》。左宗棠收复新疆后，建议清政府在新疆设省，刘锦棠为首任新疆巡抚

↘左宗棠收复新疆示意图

随后，左宗棠乘胜追击，积极部署进军伊犁，决心收复全部失地。俄国慑于清军威力，同意与清政府进行谈判。经过半年多的反复交涉，沙俄政府与清政府于清光绪七年（1881年）签订《中俄伊犁条约》，沙俄向中国交还伊犁地区和特克斯河上游两岸的领土。

清军收复新疆战争的胜利，粉碎了英、俄分裂中国西北领土的阴谋，打击了沙俄侵略者的嚣张气焰，保卫了西北边疆，捍卫了国家领土主权的完整，对巩固西北边防、开发新疆具有重要的意义。