1999年6月23日上午，国际建协第20届建筑大会在北京人民大会堂隆重举行。这是国际建协自1948年成立以来，第一次在亚澳地区召开世界建筑师大会。大会开幕式后，吴良镛作为本次大会的科学委员会主席和国际建协《北京宪章》起草人走上讲台，代表中国建筑师以“世纪之交展望建筑学的未来”为题向大会做主旨报告。在报告中，他说：“我豪情满怀地目睹祖国半个多世纪的进步，每每扪心自问：我们将把一个什么样的世界交给我们的子孙后代？这不仅仅是将什么样的物质环境、城市与建筑、园林作品等留给子孙，还要（也许更为重要）将百年来乃至几千年以来，从赫赫有名的建筑师到默默无闻的工匠为人类造福的理想、为广大人民改善生活减轻疾苦的精神留传给后代，将建筑事业中成功经验与失败教训留给他们参考。”

大会通过了吴良镛负责起草的《北京宪章》。这是指导21世纪建筑发展的重要的纲领性文献，标志着吴良镛的“广义建筑学”与“人居环境”学说已为世界建筑师所普遍接受和推崇，从而扭转了长期以来西方建筑理论占主导地位的局面。国际建协前主席瓦西里斯·斯古塔斯认为，这是一部“学术贡献意义永存”的文献。英国著名建筑评论家保罗·梅厄特则评价说，吴教授以一种乐观和利他主义的姿态，提出了引导未来发展的“路线图”。

20世纪80年代末，面对中国轰轰烈烈的建筑事业，针对错综复杂的实际问题，吴良镛吸取中国文化、哲学的精华，融贯多学科的研究成果，创造性地提出“广义建筑学”理论。1989年出版的《广义建筑学》，对建筑学进行了全方位的分析与拓展，该研究获1990年国家教委科学进步一等奖。针对国家实行社会主义市场经济、城市化与建设事业快速发展，他提出，以城市规划、建筑与园林为核心，整合工程、地理、生态等相关学科，构建“人居环境科学”体系，以建立适宜居住的人类生活环境。

“1988年，我在希腊建筑师道萨迪亚斯所提出的‘人类聚居’概念的启发下，写成了《广义建筑学》，之后仍在继续进行探索。1993年8月，利用中国科学院技术科学部学部大会邀我做学术报告的机会，我特邀周干峙、林志群一起分析了当前建筑业的形势与问题，第一次正式提出要建立‘人居环境科学’。对此，社会与学术界做出了积极的反应，如在国家自然科学基金资助与支持下，召开了多次全国性的学术会议，讨论人居环境科学问题。如今，不少高校开设了此类课程，人居环境的建设工作正在陆续推进之中。”吴良镛对自己所追求、从事的事业之前景充满信心，“‘人居环境科学’是一个开放的学科体系，是围绕城乡发展及其诸多问题进行研究的学科群，尚处于始创阶段，我们仍在吸取有关学科的思想，努力尝试总结国内外经验教训，结合实际走自己的路”。

吴良镛视城市规划和建筑学为致用之学，一生不遗余力地利用各种条件参与建设实践，努力解决中国城乡建设的实际问题。他从20世纪50年代起担任北京市都市规划委员会顾问，改革开放后又积极参与北京、上海、深圳等城市规划设计的论证和专题研究。其中，他主持北京亚运会建筑的规划设计研究，提出“以集中为主，分散与集中相结合”模式并被付诸实施，减免了主体场馆的建设，节约了大量财力；参与长江三峡人居环境建设研究时，提出要把三峡工程视为一次特殊的城镇化过程，作为三峡地区产业和经济结构的大调整和大发展的契机，颇有指导意义，被收入中国工程院出版的《中国科技前沿》；组织设计的曲阜孔子研究院，追求传统文化品格与现代建筑的有机结合，利用传统与现代的象征符号体现历史文化，再现与地方环境融合，该工程项目成为中国人居环境的典型范例之一。迄今为止，他已出版近30部学术专著，一个个新学科的框架清晰地凸显于字里行间，比较集中地记录了他半个多世纪的探索与实践轨迹，其中包含无数的风霜雨雪。

如今，许多地方在倡导“山水城市”。言及“山水城市”，吴良镛如是说：“‘山水城市’作为一般意义或普通意义上的概念，是指城市要结合自然，山水的特色构成城市环境的特征，已经成为一种特有的环境意境，言有尽而意无穷。现在不少城市都在搞它的特色，甚至追求欧陆风情，但多是一些不三不四的高楼，有些是无意义的建筑形式的模仿。事实上，是对山水环境的破坏，特别是对美丽自然山水所构成的错落有致的天际线的破坏。”诚然，城市都要因地制宜地发挥它的特色，城市艺术的创造归根结底还是要结合自己的特殊条件做“不落俗套”的文章。大匠之笔，不在花钱多少，而在其内在意境上的“惊人之笔”。

“今天所盖的房子数量特多，规模很大，所以现在不是盖房子，现在是在盖城市，必须具备城市设计的观念。”吴良镛在建筑学理论上就当前城市发展提出了“大城市”的概念，“建筑师仍要认真研究城市环境，这个环境不只是人工环境，也不只是自然环境，应当包括历史环境、社会环境，乃至政治环境。”他在2000年3月12日首次提出，“大北京地区”不是行政区划概念，而是指把包括北京、天津、唐山、秦皇岛、保定等在内的城乡建设规划统筹进行研究，通过合理的布局与建设，促进京津冀都市带及区域整体发展，使“大北京地区”共同发挥作为我国政治、经济、文化等领域的中心的作用。

1993年，吴良镛就已经在北京市规划委确定城市发展规划的过程中，提出了突破北京市域、建设“大七环”的方案：起点为琉璃河，经庞各庄、榆垡、安定、采育等重点镇，然后借道河北境内的大厂、三河、固安等地，进入平谷的马坊、峪口，此后继续向北向西连接太师屯、汤河口、永宁、康庄、斋堂，最后向南经张坊回到琉璃河，完成一个环形——这便是北京“大七环”的最初由来。然而，他的理想方案曾在行政的樊篱面前停下脚步。直至日复一日的“首堵”让无数人开始质疑城市规划者的能力时，2006年他的这个设想开始付诸实施。同时，由吴良镛领衔研究的《京津冀城乡发展规划》，构建出“一轴三带”的区域整体协调发展格局，开辟了解决区域分割、城乡分立，指导京、津、冀三地统筹发展的新路径：推动北京城市功能的有机疏解，首都职能得到更好发挥；推进天津滨海新区开放开发上升为国家战略；促进河北廊坊和沿海发展，加强生态保护，与京津协调发展。如能一以贯之，假以时日，京、津、冀三地将实现相辅相成、各尽所能、各得其所的共赢梦想。

作为广州市政府顾问的吴良镛在为该市今后发展出谋划策时，也提出了“大广州”的理念，认为广州市不仅应是珠江三角洲各城市中“众星捧月”中的新月，而且应该建设“大广州”，使广州成为继20世纪80年代深圳、90年代浦东后，21世纪拉动我国新的战略调整的城市；他主张，设计人员不应把目光局限于广州，更要研究珠三角、东南亚乃至世界的城市，否则就会被狭隘的思想束缚。