在正式占卜之前，甲骨须先经整治。殷墟甲骨的整治，包括取龟采料、削锯刮磨、钻凿制作等工序，整治的工具是铜制的锯、锉、刀。这些整治过程，颇为符合后世关于古代龟卜的记载。《周礼·龟人》：“凡取龟用秋时，攻龟用春时，各以其物入于龟室。上春衅龟，祭祀先卜。若有祭祀，则奉龟以往。”

甲骨占卜整治的过程是：

（一）取材

牛胛骨从牛身上取下即可，龟甲则要“攻龟”，亦即杀龟而刳空其肠腹。占卜所用的龟在秋天的时候从南方运来，至来年春天举行仪式，杀牲用血祭龟。祭祀之后，将龟杀死，剔取血肉、内脏，再将空龟壳储藏起来，以备整治。

（二）锯削

龟壳要经过削锯、刮磨等工序，从背甲与腹甲的连接处锯开。锯解时，须将前后两足之间的墙，即所谓“甲桥”，存留在腹甲上，同时锯去外缘部分使甲桥成为有规则的弧形。锯去甲桥边缘的突起部分，使腹甲较为平直。背甲则从中脊处一剖为二，并锯去近中脊的凹凸不平之处，削去首尾两端，使成鹅卵状（一说是鞋底状）。

卜用胛骨也要锯去骨脊及臼骨。整治牛的肩胛骨时，要将其骨臼去掉一半或三分之一，将突出的臼角切去，形成一个呈90度的方形缺口。

（三）刮磨

无论是腹甲或背甲，都要反复刮削和锉磨，使龟版平整光滑。胛骨是将正面锉平，磨刮光润；腹甲则需去其胶质鳞片、刮平坼文、锉其高厚之处，使全版匀平，再加以刮磨，使有光泽。