全病程大体可以分为三期，但不是所有患者都有三期病程，有的只有第一期，有的有两期，有的有三期。

1.急性反应期　自发病至两周左右，常可有休克、呼吸衰竭、肾功能衰竭、脑病等主要并发症。

2.全身感染期　2周～2个月左右，以全身细菌感染、深部真菌感染（后期）或双重感染为其主要临床表现。

3.残余感染期　时间为2～3个月以后，主要临床表现为全身营养不良，存在后腹膜或腹腔内残腔，常常引流不畅，窦道经久不愈，伴有消化道瘘。