本病发病率约（1.3～8.5）/10万，男女比例为（2～3）∶1，可发生于任何年龄，多数患者伴有结肠炎症，同时部分性溃疡性结肠炎也伴有硬化性胆管炎，中位生存期约为18年。PSC患者存在多种自身免疫异常，感染在胆道的炎性损害和硬化性胆管炎的发展中起促进作用，肠毒素可以激活肝内巨噬细胞，使肿瘤坏死因子产生量增加进一步导致胆管的损伤；缺血（多见于肝移植或介入治疗后）可以引起胆管纤维化和硬化出现淤胆和胆管损伤。