在设立幼稚园和幼稚师范的同时，帝国主义还以兴办“慈善”事业为名，到处设立孤儿院、慈幼院、育婴堂之类的慈幼机构。早在19世纪40年代，教会就在湖南衡阳开办了一所慈幼院，此后其他地方的教会也陆续举办了一些这类“慈善”机构。在这些“慈善”机构中，儿童们长年被关在高楼深院里，与世隔绝，生死大权完全掌握在“慈善家”手里，由于饥饿、疾病、体罚不知夺去了多少无辜的中国小生命。据调查，武昌花园山育婴堂、南京圣心儿童院以及广西、西安、芜湖等地的类似机构中儿童的死亡率，少则占60%，多者竟达99%。有的孤儿院还设有剥削和压榨童工的工厂。帝国主义除从肉体上摧残儿童外，还从精神上腐蚀、毒害中国儿童，使之感恩戴德，长大了死心塌地地为之传教服务。

帝国主义的卑劣行径，不能不激起中国人民的无比愤慨，许多爱国有识之士严正指出育婴堂是杀婴堂，并愤起抗议。如1868年，外国传教士在扬州设立的育婴堂，有不少婴儿因受虐待致死，引起群众极大的愤慨。当时，参加扬州府考的文武生员曾发布揭帖，揭露传教士的罪行，群众也纷纷参加，最后大约有1万人联合起来，捣毁教堂救出婴儿。1870年的天津教案中，群众也愤怒地焚毁了法国教堂、育婴堂、领事馆。但是，由于当时和以后的反动政府甘心投靠帝国主义，卖国为奴，致使这种摧残毒害婴幼儿的罪恶行径一直延续到中华人民共和国成立以后才最后结束。