对于结构非特异性药物，其活性的决定因素是药物的理化性质。药物分布到作用部位并且在作用部位达到有效的浓度，是药物与受体结合的基本条件。但能和受体良好结合的药物，并不一定具有适合转运过程的最适宜理化性质。如有些酶抑制剂，在体外试验具有很强活性，但因它的脂水分配系数过高或过低，不能在体内生物膜的脂相-水相-脂相间的生物膜组织中转运，无法到达酶所在的组织的部位，导致体内几乎无效。因此在设计新药时，不能只考虑活性，必须充分考虑到化合物的理化性质对活性的影响。

药物的吸收、转运、分布、代谢、排泄称为药代动力学性质，会对药物在体内作用部位的浓度产生直接影响。药代动力学性质主要是由药物理化性质决定的，理化性质包括药物的溶解度（solubility）、分配系数（partition coefficient）、解离度（degree of ionization）、氧化还原势（oxidation-reduction potentials）、热力学性质和光谱性质等。其中对药效影响较大的因素主要是药物的溶解度、分配系数和解离度。