疟原虫的生命周期分为在雌性按蚊体内的有性繁殖和在人体内的无性繁殖二部分。

（一）雌性按蚊体内的有性繁殖

当雌性按蚊在叮咬疟疾病人时，雌、雄配子体随血液进入按蚊体内。两者在蚊子胃部成熟形成合子，合子生长形成卵囊并发育成子孢子移行至唾液腺，当蚊子再次叮咬时，可将子孢子传播给人。乙胺嘧啶（Pyrimethamine）可抑制雌、雄配子体在按蚊体内的发育，因此，具有控制疟疾传播的作用。

（二）人体内的无性繁殖

人体内的无性繁殖分为三个时期。

（1）原发性红细胞外期　感染疟原虫的按蚊叮咬健康人体时，将其唾液中的子孢子输入人体，约在30分钟内子孢子侵入肝细胞，便开始红细胞前期的发育和裂殖体的繁殖，经过约10～14日，生成大量的裂殖体。在此期间为疟疾的潜伏期，无症状发生。乙胺嘧啶对此阶段疟原虫有杀灭作用，可预防疟疾的发生。

（2）红细胞内期　在红细胞外期肝脏中产生的裂殖子破坏肝细胞而进入血液，侵入红细胞，先发育成滋养体，再成为裂殖子，最后破坏红细胞，所释放的裂殖子及代谢物加之红细胞被破坏时产生的变性蛋白质，刺激机体而引起寒战、高热等疟疾症状，而从红细胞内溢出的裂殖子又反复进入红细胞进行发育。如此周而复始，每当疟原虫完成一个无性生殖周期，其症状即发作一次。按完成无性生殖周期的不同分为恶性疟（36～48小时）、间日疟（48小时）、三日疟（72小时）。对此期疟原虫有杀灭作用的药物为氯喹（Chloroquine）、奎宁（Quinine）、青蒿素（Artemisinin）等。

（3）继发性红细胞外期　间日疟存在两种子孢子亚型，既速发型子孢子和迟发型子孢子；两种子孢子同时进入肝细胞，速发型子孢子完成红细胞外期后，全部由肝细胞释放，进入红细胞内期；而迟发型子孢子则在休眠一段时间后，才进行红细胞外期的繁殖并进入血液释放裂殖子，引起疟疾的复发。此阶段有效抗疟药物为伯氨喹（Primaquine）。