磺胺类药物口服后吸收部位主要在小肠，因磺胺类药物在小肠（pH5.5～7.5）解离较少。而含较强酸性基团的磺胺类药（如酞磺胺噻唑、柳氮磺胺吡啶等）在肠道解离为离子，不利于吸收，肠道中药物浓度高，用于肠道抗感染。同时，不同结构的磺胺药的吸收，还需适宜的脂水分配系数。

药代动力学表明，磺胺类药的特性差别很大。不同磺胺药的t1/2相差可达几十倍，亲脂性愈高，环境的pKa愈小，t1/2愈长；药物和蛋白的结合率差别也很大，一般亲脂性愈强、解离度愈小，结合率愈高；乙酰化率差别也大，乙酰化率与药物的疏水性有关。

大部分磺胺药的代谢发生在肝脏，代谢产物大部分是4-氨基乙酰化物，小部分是磺酰胺的葡糖醛酸结合物。某些磺胺药则主要以未代谢的原药排出。