我国药物化学的发展主要表现在医药工业和新药研究两个方面。

在新中国成立以前，我国的化学制药工业非常落后，基础薄弱，设备落后。1949年全国生产原料药仅40种，总产量不足百吨。中华人民共和国成立以后，化学制药工业得到较快的发展，尤其是在改革开放以后得到迅速发展，现已形成了科研、教学、生产、质控、经营等比较配套的工业体系。我国现有医药工业企业3613家，可以生产化学原料药近1500种，总产量43万吨，位居世界第二。能生产化学药品制剂34个剂型4000余个品种。2001年化学原料药出口达到19.2亿美元。

在新中国成立初期，我国医药工业的发展战略是以保障人民群众基本医疗用药，满足防病治病需要为主要任务。先后发展了抗生素和半合成抗生素、磺胺药物、抗结核药、地方病防治药、解热镇痛药、维生素、甾体激素、抗肿瘤药、心血管药、中枢神经系统药物等一大批临床治疗药物。化学制药工业的发展形成一定的规模后，技术进步对医药工业的发展起到重要作用。我国科技人员结合生产实际，广泛开展技术革新和工艺改进并取得了较为显著的成果。例如建国初期利用国产原料生产氯霉素的新工艺居国际领先水平。20世纪60年代，开展对薯蓣皂素资源的综合利用，自主开发生产青霉素；20世纪70年代经过筛选和培养高产菌株，开发了二步发酵制备维生素C的生产新工艺。20世纪70～80年代研究成功的维生素B6 噁唑法合成新工艺，形成了具有特色的维生素B6专利生产技术等，这些生产工艺充分体现了我国医药工业的水平，对某些产品的工艺研究已经达到了世界先进水平。

与此同时，我国新药研究工作也受到很大重视，创制了一些重要类型的化学药。如抗肿瘤药物：氮甲、甘磷酰芥、平阳霉素、斑蟊素及其衍生物，三尖杉酯类生物碱等；从生长在我国青藏高原唐古特山莨菪中分离出新生物碱山莨菪碱和樟柳碱分别用于治疗中毒性休克、改善微循环障碍和血管性头痛等；从石杉属植物千层塔中分离出石杉碱甲，可用于治老年性痴呆症。在新药分子的设计中，我国从中药黄花蒿中分离得到青蒿素，并确定其结构为含有过氧桥的倍半萜内酯，打破了抗疟药基本结构的传统概念。青蒿素对恶性疟，尤其对氯喹耐药的脑型疟有较好的疗效。在青蒿素结构的基础上经过结构改造得到双氢青蒿素、蒿甲醚和青蒿琥酯，抗疟活性增强，毒性降低，并已在国外注册。在对五味子中有效成分五味子丙素结构改造的过程中，通过结构简化，创制出能降低谷丙转氨酶（SGPT），治疗肝炎的药物联苯双酯。对芬太尼结构改造过程中得到的新的μ阿片激动剂羟甲芬太尼等等。我国创新药物的研究形成了基于天然活性成分结构为基础的新药设计和发现的特色。近20多年来计算机辅助药物设计、3D-QSAR研究以及组合化学、高通量筛选技术的应用在我国药物化学研究中也有了较快的发展。

经过50多年的建设，我国药物化学取得了很大的成就，形成了一支成熟的研究队伍，建立了较为完整的科研、教学、生产体系，促进了医药工业的发展，保障了人民健康。