气功的健身机理，可概括为四个方面。

其一，平衡阴阳。人体阴阳，应经常保持相对平衡，才能维持正常的生命活动。如果阴阳失去平衡，发生偏胜偏衰，就会引发疾病。如阳虚则寒，阴虚则热；阳盛则热，阴盛则寒；阳盛则阴病，阴盛则阳病。这就是导致疾病的根本原因。

气功治病是根据患者的阴阳失调来对症练功，而达到调节机体阴阳的相对平衡。患阴证者以练静功为主，并结合意守“涌泉”（在足底）、“三阴交”（足内侧，踝上三寸）等阴窍（管理阴气的一些枢纽）以滋阴平阳；患阳证者，以练动功为主，并结合意守“命门”（在腰部）、“百会”（在头顶）等阳窍（管理阳气的一些枢纽）以调和阴阳平衡。因此，气功锻炼，要符合阴阳升降出入的自然法则，更好地发挥自我调节功能，从而起到健身祛病的作用。

其二，协调脏腑。脏腑功能状态正常与否，决定着人体健康与否。经常坚持气功锻炼，可使脏腑间的关系达到协调平衡，并使脏腑各安其职，发挥各自的功能。

心主血脉，通过气功锻炼，心神安宁，心气就能更好地推动血液的运行，有助于协调五脏安和，有益于心身健康。

肺主呼吸，练习气功，既可达到加强和改善肺功能的作用，又能进一步推动气血在全身运行，以滋养脏腑和四肢百骸。

“肾为先天之本”，贮藏精气，为元气之根，气功锻炼可使命门的作用加强，有益于卫养肾精，从而使脏腑功能充分发挥，体质得到全面增强。

“肝主谋虑，主藏血”，在五行中，肝属木，喜通达，恶抑郁。通过练功，可使肝气舒畅，肝脾调和，上逆的肝火自降。

“脾主运化”，脾胃为后天之本，进行气功锻炼可使气机通畅，脾胃升降功能协调，这对调节改善脾胃功能有非常重要的作用，脾胃功能改善，就会运化五谷，滋养五脏六腑、四肢百骸，生命体就会显得生机勃勃。

其三，疏通经络。平衡经络之气，使气血调和，是练功的一大功效。人体如经络不通，气血则无法顺畅运行，百病因此而生。只要坚持和加强气功锻炼，把“气”的质量提高了，就可以将脏腑病邪由里及表地循经络逐出体外，使疾病痊愈。所以加强经络系统以发挥它在其他平衡系统中的主导作用，是气功锻炼的重要手段。

其四，调和气血。中国养生理论认为“气”和“血”是人体生命活动的源泉和动力。它既是人体各部分功能的物质基础，又是人体生命活动的产物，人体病理变化都与气血相关。气血一旦失调，则百病丛生。练气功正是从“扶正气，活血化瘀”入手，来调和气血，治病防病的。

总之，气功养生的祛病机理，主要是通过练功者发挥主观能动作用，对机体“心神统一”地进行自我锻炼的方法，其要点是将“神”“气”“形”相结合。它的作用是整体性的，能起到自我修复、自我调整、自我控制、平衡阴阳、协调脏腑、疏通经络、调和气血的作用，从而可使身心机能达到最佳状态。