中医学认为，生命体阴阳是否平衡是健康与否的标志，一切疾病发生的根本原因都可以概括为阴阳失调。对于生命体内部新陈代谢的生理活动，精、气、形、味互相生化的过程以及由于阴阳偏盛或偏衰而产生的病理变化，也都可以用阴阳理论来解释。

如在代谢产生的废物中，轻而清的废物属阳，由上窍通过口鼻排除；重而浊的废物属阴，出下窍通过大便排除。如果这个阴阳的升降出入失常，清阳不升反而下行，就会出现腹泻等症状；浊阴不下反而上逆，就会出现胸闷腹胀等症状。

从阴阳的消长来说，一方面偏盛，或另一方面偏衰，则失去了相应的制约，太过的部分就必然化为有害的阳邪或阴邪，与偏衰的正阴或正阳相对立，构成邪正斗争的疾病。

在“正”（阴精、阳气）与“邪”（阴邪、阳邪）的斗争中，因阴邪为害，体内阳气会与之抗争，故阴邪易损伤阳气。阳气遭到损伤的时候，体内阴精就会来补充化为阳气。所以，虽然阳气受损会导致外寒等阳虚之症，但是不及时诊治也常常会发展为内寒等阴虚之症。

同样，在阳邪为害时，体内之阴精与之相争，故阳邪易伤阴精。当阳邪侵害阴精时，体内的阳气就会起到固卫阴精的作用，阴虚内热就有可能发展为阳盛外热。

总之，中医学认为疾病的本质就是阴阳失调，因而把错综复杂、千变万化的病症总括为阴证和阳证，并以阴阳的消长转化来把握它们之间的关系。在中医学中，无论病理、结构、代谢、功能，还是致病原因、发病途径、病势演变，都是以阴阳学说来分析的。