在拟切断的胃（肠）管一侧夹荷包钳，穿荷包线（或手缝荷包），切断胃（肠）后，消毒后置入吻合器钉砧头，收紧荷包线，结扎，将钉砧头包于荷包内（荷包线不能扎到砧头轴的锁片簧上）。在拟切除的胃（肠）另一端切断肠管，置入吻合器，旋出中心杆，从肠腔对系膜缘刺穿肠壁，与钉砧头衔接，确认肠管无扭转或夹杂其他组织后，调节旋钮至标记刻度处，击发，旋松吻合器，退出，检查吻合口，如无出血，用线型闭合器（或用可吸收线连续缝合）关闭胃（肠）断端。

用直线切割吻合器进行胃肠吻合：将侧侧吻合器的两排钉槽分别伸入胃腔和肠腔，使肠管的对系膜缘靠紧胃，扣上吻合器操作柄，完成钉合及切割。更换钉仓，用同一把吻合器将已吻合的胃肠管残端夹闭，即完成残端闭合，并切除多余的残端。残端关闭也可采用残端闭合器或连续缝合的方法完成。