如果设计的吻合口过小不符合生理功能，当然会出现堵塞，这种情况常发生于端侧的食管空肠、胃空肠、胆肠吻合。上了肠钳（或心耳钳）的吻合口两端是一个平面的距离，此时的5cm，在吻合口松开肠钳时，即成了三维空间的椭圆，其直径绝不会有5cm，按计算也只有3cm左右。如果你想做一个吻合口直径为5cm，上了肠钳来量取的距离就需要7cm以上了。吻合口水肿虽然是暂时的，如属异物、血肿感染等引起者，此后的瘢痕形成，会造成永久性狭窄。吻合口以下的引流不畅或梗阻，也会波及吻合口，代偿性管腔扩大会出现吻合口相对狭窄。

像吻合口漏一样，吻合术的技术缺陷也会引起吻合口狭窄。缝合时内翻的组织过多，使看似足够大的吻合口内腔大打折扣。连续缝合时过分抽紧缝线，就等于在吻合口的“荷包口”上套上了箍，毫无弹性和扩张能力，被禁锢在既定的箍内。更有甚者，如果前后壁缝到一起，后果更为严重。胃管或支撑管被结扎或缝扎在吻合口缝线上，吻合口90°以上的扭曲，肠管蠕动方向的错位倒置，严重的盲端综合征，系膜的过度牵拉或肠系膜裂口过紧、悬吊、悬挂垂幕样压迫，以及大网膜横结肠的牵拉和压迫等，都有可能发生吻合口狭窄而出现梗阻或堵塞。