大雄宝殿顶棚装饰有三个大曼陀罗藻井和231块法曼陀罗天花板，这在现存实物中独一无二，也是法海寺最为珍贵的建筑遗存。曼陀罗藻井和法曼陀罗高大精巧、造型别致、装饰豪华、寓意深刻，使人产生无限的联想和遐思。三个藻井造型相同，它们分别置于三世佛的顶部，给每尊佛像室内最高空间，并在此空间内以人类丰富的想象作出宇宙间的彩云、神坛道场、佛像诸神等，一并赋予神圣高洁的涵义。这三个藻井上圆下方，通高一米，分作三层，层层上收。四周饰以小方木块拼成的斗拱，个个精雕细琢，巧夺天工，堪称东方建筑艺术图案之佳作。中央藻井顶部绘制毗卢遮那佛曼陀罗，东边藻井绘药师佛曼陀罗，西边藻井绘弥陀佛曼陀罗。天花板绘法曼陀罗，有正方形和长方形两种。这种曼陀罗均以本尊梵文名称的第一个字母作为主尊种子来代表密宗本尊。佛龛两侧靛蓝底色上绘制翠绿色蔓草，舒卷自如，采用描金画法。支条上画三股金刚杵，并与各个曼陀罗相连，制作富丽堂皇、严谨大方，它们是法海寺的木工绝活。这种布局与装饰，显示的是禅密兼修的理念，同时暗含“法海”（意为佛法无边，浩如大海）在佛教中的深刻含义。

    梵钟是寺庙的吉祥物，是用来举行佛事活动的法器。法海寺的铜钟铸造于正统十二年（1447），至今保存完好，其造型美观大气，做工精良坚固，钟声悦耳悠扬，可以毫不夸张地讲是外观与音响的完美结合。钟体内外梵汉藏三种经文交相辉映，字迹秀美古朴、清晰可辨，具有极高的铸造、书法、文字等研究价值，是我国现存为数不多的明代青铜梵钟中的绝佳上品，与大钟寺的永乐大钟相媲美。