由于海洋污染破坏对海洋生物造成的极大伤害，海洋捕捞已经不能满足人们对海鲜海产的庞大食欲需求，所以人们就通过“科技专家”的“科技发明”，在海上大量进行水产养殖。然而，就是这种貌似无毒无害的活动，也因为人类自身行为的不当，实际上造成了十分严重的环境问题。这主要表现在以下三个方面：

首先是养殖活动的自身污染。饲料是养殖的主要营养来源，但仅有部分被消化吸收，未摄食部分和生物的排泄物便会沉积到底层，这样就在海水底部形成了有机物富集，有可能产生一些有毒的物质，妨碍海洋生物的生长和健康。不仅如此，在有机物大量富集的情况下，甚至还可以引发赤潮。

其次，在水产养殖的过程中，还使用大量的化学药品来进行杀菌消毒，如各种化学消毒剂、抗菌素、激素、疫苗等。比如英国水产养殖中使用的化学药物有23种，挪威在养殖业中使用的抗生素比在农业中使用的还多。当大量化学药品直接或者间接投入海洋后，便会对近岸水域的生态分布产生直接的影响，特别是一些残留期长的广谱性抗菌素的过量使用，对近岸微生物生态和环境的影响更大。并且，这些药物还会通过食物链富集到鱼类等水产品中，最终将危害人类自身。

最后，也是影响最为深远的一点，就是生物污染。由于引种或移植具有方法简便、成本低和见效快等特点，所以在利益的驱使下，经常会发生人为盲目引进或移植新的物种，这就非常有可能造成生物污染。比如在欧洲的地中海和亚得里亚海，一种太平洋海藻覆盖了3 000公顷的海底面积。生物污染的另一表现则是基因污染，由于养殖群体和野生种群的交叉配种，发生基因交换，一方面可能导致某些有害基因的扩散，另一方面还会减少物种的多样性，使自然的生物基因库遭受损失。

在我国南海沿岸的广西北海市附近海域，海洋生物污染已经成为了一个非常严重的问题，特别是海水养殖中所投放的饵料、药物等，都是养殖区及附近浅海水域的主要污染源，造成了海水的富营养化，为赤潮生物提供了适宜的生态环境，使其繁殖加快，导致赤潮的发生，同时还对生态系统、生态平衡、生物多样性造成严重破坏。

这样的海水养殖实际上是并不科学的“科学养殖”，一心为了赚钱的“科学养殖”，其更为严重的后果是，这样的“养殖货”的毒害性已经被越来越多的人所认识，人们已经开始拒绝吃、不敢吃这种“养殖货”了，黑了心的“养殖科学家”和“养殖专业户”白白忙乎，不但赚不了多少钱，而且经常赔本，实际上这也是海水养殖产业的自掘坟墓。