28.5 拓展阅读五  基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)

拓展阅读五  基因表达系列分析(serial analysis of gene expression,SAGE)

       SAGE是基于核酸杂交原理在转录水平研究细胞或组织基因表达模式的一种高通量技术。

       SAGE的基本原理是用来自cDNA 3′-端特定位置9~10 bp长度的序列所含有的足够信息鉴定基因组中的所有基因。可利用锚定酶(anchoringenzyme,AE)和位标酶(tagging enzyme,TE)这两种限制性内切酶切割DNA分子的特定位置(靠近3′-端),分离SAGE标签,并将这些标签串联起来,然后对其进行测序,测序后作为探针即可用于生物标本表达谱的检测。这种方法可以全面提供生物体基因表达谱信息,还可用来定量比较不同状态下组织或细胞的所有差异表达基因。

       SAGE操作步骤主要包括:①SAGE文库的构建;②SAGE标签分离;③SAGE标签连接;④融合标签序列测定;⑤以融合标签作为探针进行基因表达谱分析;⑥数据处理与分析(图)。


图 SAGE的原理与基本步骤

分离各类mRNA的SAGE并进行连接,测序后作为探针即可用于生物标本表达谱的检测

参考文献:

1. Matsumura, H.; Bin Nasir, K. H.; Yoshida, K.; Ito, A.;Kahl, G. N.; Krüger, D. H.; Terauchi, R. SuperSAGE array: the direct use of26-base-pair transcript tags in oligonucleotide arrays. Nature Methods. 3 (6):469–74. 2006

2. Saha S, Sparks AB, Rago C, AkmaevV, Wang CJ, Vogelstein B, Kinzler KW, Velculescu VE. etal. Using the transcriptome to annotate the genome. Nat Biotechnol. 20 (5):508–12. 2002

(杨生生 焦炳华)