湖羊自然保护区的湖羊，不杂交不近交，对保种群的湖羊则进行综合选择，做到“保中有选”，实行动态保种。

在配种中，为保持基因型频率长期平衡，采用母羊等量分组，公羊按等比例轮转随机交配的方法。后代留种方式则采用家系等量留种，各家系等量选留优秀个体，以保证湖羊种质资源的纯正。

根据江苏省农林厅1984年下达的文件精神，吴县颁布“关于禁止任何绵羊进入东山湖羊资源保护区”的通告，对保护区内从事羊肉屠宰经销的农民商贩约法三章，明确要求凡从外地购进菜羊，必须立即宰杀上市，严禁留养。通过这些措施，东山湖羊遗传资源保护取得成效：保住湖羊基因库，既没有外来绵羊品种渗入，又防止近交，使品质进一步提高。保证核心区湖羊保种群的持续稳定发展，东山湖羊种群得到有效保护。取得较好的社会效益和生态效益。保种促进养羊生产，养羊促进果树的发展，良性循环改善土壤结构和生态环境，也提高养殖户的收入。

1996年，农业部畜牧兽医总站以签订合约的形式，对湖羊保护区工作提出了更加明确而具体的要求，并在资金上给予支持；省农林厅畜牧局也加大了对保护区的扶持力度，使保护区内湖羊保种和开发利用工作得到较快发展，并取得了较为显著的成果。据2005年统计，湖羊产羔率为271.11%，比1983年的225.50%提高了45.61个百分点；成年公母羊活重62.12千克和48.66千克，分别比1983年的33.3千克和30.1千克提高28.82千克和18.56千克，分别增长86.55%和61.66%。实践证明，利用东山镇独特的地理环境条件建立保护区进行活体保种成本低、效益好。