东山原为太湖中的岛屿，四面环水，直到清后期形成半岛，但依然与内陆有摆渡口一水之隔，所以东山羊种与外界隔绝，保证了湖羊的纯正血统。南京农业大学王根林教授研究团队首次发现中国湖羊存在控制多胎的主要基因，且该基因高度纯合，东山湖羊存在FecB多胎基因，纯合度可达90%左右，是高度纯化的高产品种。

随着经济的发展、交通的便利和种群数量的减少，不同品种的绵羊与湖羊的羊种杂交导致了近亲繁殖和基因流失，从20世纪80年代开始，随着建设的发展，草地面积的减少，湖羊的饲养逐渐有所降低。20世纪90年代以来，随着出口市场的疲软、后续开发的不足，湖羊养殖效益逐渐被其他行业超越，加上以农户为中心的保护模式，缺乏专门机构的扶持和保护，1998年东山镇湖羊产业存栏量仅达到2000头，每年出栏量不足1000头。渡桥西泾湖羊的养殖数量从1983年起一直在500头左右徘徊不前。苏州太湖地区的纯种湖羊面临着灭绝的危险，这引起农业部的高度重视，随即出台了许多湖羊保护的规划和措施。