亚当斯的4年总统任期内，法国正经历着革命后的巨变。联邦党政府不同情法国革命，在英法对抗中宣布中立，而美国法律却始终有利于英国，《杰伊条约》更是激怒了法国，致使法国对美国强硬起来，直至发生海上阻击。联邦党的上层都主张开战，但是亚当斯坚持和平。亚当斯几经周折，终于在1800年和拿破仑的法国政府达成协议，停止海战，并取消了1778年的同盟。

1796年大选 华盛顿告老还乡，联邦党最有影响力的人物依然是汉密尔顿。面对1796年大选，联邦党的候选人自然使人想到汉密尔顿，但许多人觉得他过于强势，不适合领导一个国家，而且这么多年下来，汉密尔顿已经树敌太多，因此联邦党提名约翰·亚当斯当总统候选人，托马斯·平克尼为副总统候选人。平克尼来自南卡罗来纳，曾是广受欢迎的1795年美西《平克尼条约》的谈判者。《平克尼条约》的签订解决了美国与西班牙在密西西比河上的通航纠纷。杰斐逊则是共和党的候选人。

约翰·亚当斯（1735—1826）
独立革命的领袖、美国第二任总统、外交家。他开创了亚当斯4代人杰出的政治生涯。儿子约翰·昆西·亚当斯曾任国务卿与总统，孙子查尔斯·弗朗西斯·亚当斯是内战时期杰出的外交家，曾孙亨利·亚当斯是杰出的历史学家、作家。这幅画创作于1783年，由约翰·辛格尔顿·科普里绘制。

在亚当斯与平克尼之间，汉密尔顿力挺平克尼。汉密尔顿安排南卡罗来纳州联邦党选举人只投平克尼的票，不料这一举动在新英格兰遭到了讨厌他的人的报复，他们拒绝将票投给平克尼，结果平克尼只获得59张选举人票，亚当斯71张，杰斐逊68张。按照宪法规定，得票最多者亚当斯当选为总统，得票次者杰斐逊为副总统。这样搭档显然十分尴尬，两个互为反对党的领导人如何一起共事？为避免此类局面再次发生，美国1804年通过宪法第12条修正案，规定分别开列总统与副总统候选人名单。

其实亚当斯也愿意杰斐逊任副总统，两人都不喜欢汉密尔顿，而且两人之间毕竟还有共同之处，因此合作起来不算困难。杰斐逊曾表示，如果亚当斯能够“不再偏爱亲英团体”，他将会是个优秀的领导人。另一方面，两党选票如此接近，说明民主共和党越来越受民众青睐，而联邦党在失去华盛顿的领导后，内部出现混乱。

亚当斯出身律师，受家庭影响，性格上具有清教徒的某些特征：做事踏实、勤劳朴素；善于自我完善，每天有晨起早读与写日记的习惯；讨厌懒散和浪费时间，认为工作是抵制诱惑与虚荣的最好武器。他知识渊博，能将个人完善与服务公众、服务国家的理念结合在一起；他对革命、法治、政府、共和等思想与体制的认识与思辨，在那个时代几乎无人能及。然而过于严谨正直的个性使他难于在复杂的政治环境中团结人心，也不懂如何化解纠纷，更不用说激发他人热情、获得他人赏识了。亚当斯4年执政成绩平平，可能算不上一位杰出的总统，任内的某些政策曾引发过极大争议。

XYZ事件 美国独立后，为了改善与英国的关系，华盛顿派外交部部长约翰·杰伊到英国谈判，签订的协议被称为《杰伊条约》。英国怕美国与法国结成联盟，也想和美国达成和解，因而作了一些让步，如同意从西部军事基地撤军、赔偿在西印度群岛海域中被扣押船只的船主等；美国也同意尽快偿还债务。美国民众对条约表示抗议，但华盛顿政府还是在1795年批准了这一协议，从此英美关系得到了很大改善。

《杰伊条约》惹怒了法国，由此加深了美法之间的紧张局势。法国在海上对美国船只频频发动攻击，后来又借此对大选施加影响。亚当斯内阁的一些成员包括国务卿蒂莫西·皮克林在内主张开战，但亚当斯力主和谈。他指派3名特使前往法国谈判，叮嘱他们努力达成温和协议，“终止两国的不和……不要谈论是非功过”。这3位特使是：美国驻法大使查尔斯·科茨沃思·平克尼、弗吉尼亚联邦党人律师约翰·马歇尔、马萨诸塞共和党人埃尔布里奇·格里。1797年，平克尼等3人到达巴黎，法国外交大臣塔列朗先后派3位代理（在保密的外交文件中分别被称为X、Y 和Z）向他们索要贿赂，作为继续谈判的条件。平克尼怀疑法国人的诚意，断然拒绝，并愤怒地对X 说：“不，绝对不行，我们连六便士也不会给！”这一事件被披露后在美国引发大规模的反法浪潮，头脑发热的联邦党人叫嚣着要发动战争，结果进一步恶化了美国与法国的关系，导致1798年美国对法国不宣而战。

国会一致通过决议，废除1778年所有协议，切断与法国的贸易，建立海军部，拨款建造40多艘军舰，军队扩充到原来的3倍。华盛顿又重新出山，统领军队，美国海军还多次获胜。最后，法国为了避免冲突继续升级，要求和谈。1800年，亚当斯顶住联邦党人依然叫嚷着要战争的压力，派代表团出使法国与拿破仑新政府签署了《法美和平协定》，正式废除1778年的旧协议。至此，这场美法之间的“准战争”终于以理想的和平方式解决，算得上是亚当斯理智、坚定、温和的政治宗旨的体现。

《客籍法》与《反颠覆法》 尽管亚当斯认为自己作为总统是超越党派之争的，但他毕竟是联邦党人，在一片反法声浪中，之前逐渐走弱的联邦党人又获得了实力，开始考虑如何打败民主共和党。1798年6月到7月，联邦党控制的国会以国家安全为由，通过了意在削弱民主共和党的《客籍法》和《反颠覆法》，成为历史上最具争议的立法之一。

《客籍法》将移民归化为公民所需的最低居住年限从5年延长至14年，并规定总统有权将任何涉嫌危害国家的移民驱逐出境，在战时则可以将敌国的移民隔离管束起来。亚当斯签署了法令，但事实上他从未行使过这一权力。这个法令阻止了更多的移民，也有一些外国人离开了美国。

《反颠覆法》规定：“妨碍任何法律的实施”或妄图煽动暴乱或叛乱都属犯罪；任何对政府“错误的、诽谤的、恶毒的”批评和言论出版都为非法，政府有权处以罚款和监禁。据此法令，联邦党人逮捕了25名民主共和党人，并宣判10人有罪，其中大多数是民主共和党报的编辑，罪状是批评政府。当时的民主共和党经常集会，移民又大都倾向于民主共和党。联邦党本想提高自己的威信，结果适得其反，刚刚经历独立战争、大谈天赋人权的美国人自然不会欢迎这种法令；这反倒证明了联邦党是在实施暴政、背叛美国革命的理想。

杰斐逊并没有反对《反颠覆法》，但他认为这个法令违反了宪法第一条修正案有关公民和媒体言论自由的规定，而且侵犯了一些州的权利。杰斐逊和麦迪逊决定拟定草案，分别递交给肯塔基议会和弗吉尼亚议会。这两个被称为《肯塔基决议》和《弗吉尼亚决议》的提案运用洛克的哲学思想，指出联邦政府是在与各州签订“契约”的基础上建立起来的，政府立法一旦超越这个“契约”的权限，各州就有权否决。显然，《客籍法》和《反颠覆法》违反了宪法的这一基本要求，因而不具法律的约束力，是无效的。

这两个决议开创了州政府裁定联邦政府法律违宪无效的先例，在很大程度上将两党之间的分歧上升为国家层次的危机。激烈冲突时常发生，各州议会有时就像一场战场，暴力争斗时常发生，甚至在国会众议院也难于幸免。与此同时，民主共和党加紧了总统竞选的组织和宣传准备。