三国历史地理信息系统除一般的浏览、查询历史地图和制作各种专题历史地图外，更深层应用是建立“三国历史地理专题信息系统”。所谓“三国历史地理专题信息系统”，就是针对某个专题的特殊要求，利用历史地理信息系统建立的专用系统。

三国历史地理信息系统可应用于各个学科和领域。

以文学为例，许多与历史地理有关的课题，都可以利用地理信息系统进行分析研究。例如，作家地域分布、作家迁徙和文化重心转移、作家群体诞生和地域分布、家族文化与文学的演变、作家一生创作与地域的关系、作家文集在不同时代和地域的流布和刊刻等。这些与地理有关的课题，用传统的研究方法是很困难的。

而利用数字化系统进行研究，可以实现：①生成当年的历史地图；②根据课题情况，建立课题资料库；③根据课题资料库，生成各种专题地图；④利用计算机进行一些人工很难实现的分析研究；⑤研究可视化后，一些以前很难发现的课题也可能浮现出来，产生一些新的研究课题。

专题信息系统包括文学、历史、考古、经济、军事等各种学科，历史和文学专题系统和专题历史地图相似。

专题信息系统的主要形式有三种：①各种历史地图，如行踪图、事件图、交往图等。②各种历史图表，如生平图、亲属图等。③各种统计地图，如直方图、曲线图、饼图、密度图等。

三国历史地理系专题信息系统是建立在“三国历史地理专题资料库”基础上的，其主要应用有：