在两晋时期的基础上，到了南北朝，道教参与政治的程度再次提高。这主要体现在北魏，寇谦之努力弘扬道教，并积极争取北魏统治者的支持。寇谦之首先宣称他接受了太上老君的传承，自称天师，改革道教教义，清整道教。他来到北魏都城平城，宣扬道教，受到崔浩的重视。在崔浩的引荐下，寇谦之成功地取得了太武帝的认可和支持。太武帝宣布弘扬道教，宣布天下，并在平城东南建立天师道场，置道士120人。公元440年，寇谦之授予太武帝“太平真君”尊号，改元太平真君。442年，寇谦之又奏请太武帝修建静轮天宫，太武帝亲至道坛受符箓，备法驾。在太武帝的支持下，道教如同国教，显赫一时。

在大力弘扬道教的同时，有关道教的一些官僚机构也很快建立起来。据《魏书·释老志》记载，北魏时，“立监福曹，又改为昭玄，备有官属，以断僧务”^[35]。这种“备有官属”的监福曹或昭玄寺，具有代表中央管理僧务的性质。北齐仍魏制，据《隋书·百官志中》载，北齐设“昭玄寺，掌诸佛教。置大统一人，统一人，都维那三人。亦置功曹、主簿员，以管诸州郡县沙门曹”^[36]。这里看似只有佛教的机构，其实这些机构是僧道兼管的，不专为佛教官僚机构，这在南朝也是如此，下文不再说明。

在南朝，道教也有进一步发展，这与陆修静的努力有关。陆修静（406—477），字元德，号简寂，今浙江吴兴人。陆修静出身世家大族，少好儒学，后为求长生转而学道，“祖述三张，弘衍二葛”。两晋之际，南方五斗米道的流传出现混乱的局面，对此陆修静提出很多改革举措，其中对道教发展影响最大的在于整理道教经典和制定新的道教斋醮仪轨，其一体现在《陆先生道门科略》，该著作对道教仪式做了详细规定，对纠正当时混乱的道教斋蘸仪轨作用巨大；其二体现在陆修静所作的《三洞经书目录》，将道经按“三洞四辅十二类”分门别类，成为后世编撰道藏的基本模式。

随着陆修静的声名远播，他渐渐也受到宋文帝的关注，并被召入宫中，讲经诵法。宋明帝即位后，为他修建了崇虚馆，使其可以潜心研究道法。崇虚馆不仅仅是一个道教活动场所，还是一个学术研究基地，崇虚馆建立后，迎来多位著名学者光顾，并展开论辩，如顾欢、刘法先、孔德璋、孟智周等都先后到过崇虚馆。崇虚馆的建立，还有一个更重要的意义，钟国发说：“朝廷为他在首都建立活动基地——崇虚馆，相当于北魏为寇谦之营建崇虚寺，可以作为道教在南朝正式确立合法地位的标志。从此，陆修静及其崇虚馆就成为南朝各华夏道派的中心。”^[37]虽然，钟先生关于陆修静及其崇虚馆成为华夏各道派的中心的说法还有商榷的余地，但是他说崇虚馆的建立是道教在南朝合法化的标志，还是很有道理的。

东晋也设立了僧官，只是文献记载比较笼统。例如，《高僧传·竺道壹传》说：“壹既博通内外，又律行清严，故四远僧尼咸依附咨禀，时人号曰九州都维那。后暂往吴之虎丘山，以晋隆安（397—401）中遇疾而卒。”^[38]又如道宣，《续高僧传》卷六《释僧迁传》中亦有“昔晋氏始置僧司，迄兹四代”^[39]之语。“四代”，指晋、宋、齐、梁，因僧迁时任后梁大僧正。所谓“九州都维那”“僧司”，在称号上是一种譬况，是说与梁的僧官系统约略相当而已。不过，东晋至南朝已逐步确立了自己的僧官系统，即各级僧官都以“僧正”为称号，如《续高僧传》卷二十二《昙瑗传》云，陈宣帝“下敕荣慰，以瑗为国之僧正”^[40]；卷九载，陈后主“至德元年，下诏为京邑大僧都，四年转大僧正”^[41]；《高僧传》卷六《慧持传》云，僧恭“为蜀郡僧正”^[42]，如此等等。

无论南朝还是北朝，中央和地方道教官僚机构的建立，都标志着道教的官方化，这就意味着道教不再是以前那种散乱的各行其道的局面，进入了正规化发展阶段，而道教事务也正式成为国家的日常政治事务。这个转变在道教发展过程中具有分水岭似的意义，是古代道教向近现代道教转变的关键一步，是原始道教迈向成熟宗教具有决定性的一步。