1956年1月，全国各地响应中央人民政府号召，对私营工商业实行社会主义改造。苏州的中药行业归口药材公司，全市国药铺撤并为雷允上等20个，实行全行业公私合营。当年年初，上海雷允上和苏州雷允上先后实行公私合营，完成资产重组。如此，历史名牌得以完好保存，六神丸等著名中成药均纳入国家收购计划。1956年，雷氏家人捐献六神丸秘方给国家。同年9月26日，卫生部发布《关于中药秘方制造保密的几项内部掌握原则的通知》（ 〔56〕卫药漆字第801号）文件，将六神丸列入保密制造范围。

1958年6月24日，在苏州市医药公司指导和管辖下，成立以雷允上为首的“苏州中成药联合制药厂”，下设雷允上制药厂、沐泰山制药厂（原沐泰山堂）和王鸿翥制药厂（原王鸿翥堂），实行统一领导和管理。雷允上制药厂专门生产丸、散、膏、丹、露等中成药。同年12月，通和坊沈氏的仁寿天、天官坊沈氏的仁寿天、王上仙、王诚信、胡氏鹅掌风药室、陈氏药局等祖传成方小肆一起并入雷允上制药厂。药厂地址在天库前，以48间立贴式砖木结构房屋为车间，生产各类中成药。1972年至1974年，车间落地翻建为四层的混合结构楼房。楼房设备负载和声音震动都不大，楼面采用预制混凝土多孔楼板，以水磨石贴面。工厂建筑面积3829平方米（1982年增至1.22万平方米）。

1959年，苏州市卫生局根据上级指示精神，做出“为保持各店历史传统，发扬特色，恢复一面生产国药，一面销售国药”的指示。10月，雷允上制药厂实行“厂店合一”形式，各药店设立专门的账册，经营单独核算。雷允上制药厂名称不变。当时，制药厂拥有生产厂房45间，晒场一块约1亩。工厂生产六神丸、行军散、玉枢丹、红灵丹、痧药蟾酥丸等几十只品种的中成药，并且承担部分医院和诊所的中成药加工任务。使用的生产设备也有所增加，主要有：40只榔头粉碎机一台、24时石磨机一台、担式球磨机两台、万能粉碎机一台、花篮式轧片机一台、圆筒式颗粒机一台、双锤研磨机一台、转盘刨片机一台、木槽式切片机一台、筛丸机一台、糖衣机一台、轧碎机一台、刨丝机一台、电热丝鼓风设备全套，以及专门的胶锅灶等工具设备。

1960年，雷允上制药厂建立了中药药品鉴定室，其实就是后来设立的检验科。药品生产出来后由检验人员把关，从而防止不合格产品外流。1962年，雷允上制药厂又扩大生产规模，建起了两幢生产车间，计500余平方米。工厂不但引进技术人员，还发动广大职工开展技术革新，群策群力，试制成功搅拌机、滚筒泛丸机等机械设备，全厂机械化程度达到60%左右。如此，不但减轻了工人的劳动强度，还大大提高了生产效率。1966年，全厂工业产值达280万元。当年，雷允上成功转制，成为全民所有制企业。

1966年“文化大革命”来临，“破旧立新”泛滥成灾，改地名改厂名改人名成为时髦。雷允上制药厂改名为苏州中药厂。久负盛名的“九芝图”六神丸，因为“六神”宣扬封建迷信思想，与马列主义“无神论”格格不入，也改名为不伦不类的“咽喉丸”。其他被改名的丸散等药品多达51种。1969年，包括“童葆春”药铺在内的三家药店工场一起并入苏州中药厂。中药厂设在西中市499号，当年职工200人。整个“文化大革命”时期，企业的正常生产受到严重干扰和影响。

1976年10月6日，党中央粉碎“四人帮”篡党夺权的阴谋，社会秩序走上正轨。苏州中药行业焕发了勃勃生机。雷允上制药厂也迎来了春天。1977年，企业建成先进的浓缩合成车间，大楼4层共2376平方米。车间内设煮提、浓缩、药酒、糖浆、合成牛黄等生产部门，实现了中药生产管道化流水作业。适应形势需要拨乱反正，医药生产归口统一管理，1978年12月31日，苏州中药厂恢复苏州雷允上制药厂厂名，“咽喉丸”等产品也恢复原名。1978年，药厂发动技术人员攻关，革新成功了“中药材密封粉碎机组”。该机组从药材进料、给料、粉碎、分离、拌混一直到出料，初步实现了机械化连续生产。这样，不但提高了生产效率，还达到了药品生产的保洁要求。喜讯传开，该项目受到国家医药部门的高度重视。同年9月，全国中药材密封粉碎现场交流会在苏州顺利召开。会议认为：这套设备具有分级范围广、操作方便、运行可靠、清机容易等特点。该项目由于提高了产量和质量，有效改善了劳动环境，经有关专家评定，荣获江苏省科技奖。