民国二十六年（1937年）7月7日，日本侵略军挑起事端，发生“卢沟桥事变”，抗日战争全面爆发。同年十一月，苏州沦陷。雷允上药铺对日军的暴行早有预感。为了避免人员和财产损失，药铺当机立断：停止营业、遣散员工，对员工发放避难费。经理雷学嘉携家族移居上海。药铺由员工宋秋圃、阮鉴平留守。宋、阮二人把来不及转移的细料药材和现金两千余元，仔细包装后，分别放在装药材的陶瓮中，隐藏在底部的石灰层下，既可以防潮又能防盗。最后，又把陶瓮藏在地窖内。第二年，社会秩序逐渐稳定，雷允上诵芬堂开始复业。外出避难的员工陆续返回药铺，雷文安等族人也回药铺料理业务。仔细检查后发现，尽管所藏现金已不翼而飞，但麝香等珍贵细料有幸安然无恙。这样，药铺仍旧能正常运营。但好景不长，厄运再次降临：日军一连串的迫害接踵而来。日军驻苏州司令官福田仁一等人将阊门内下塘街的几座花园洋房（今阊门饭店）占为己有。这些侵略者为了方便开车出入，强行将弄堂内的民房无偿拆除。接着，又把下塘河对面的诵芬堂药铺二层楼老屋拆除，改建为木桥通行。

上海的雷允上药铺也因为战乱发生变化。民国二十六年（1937年），“八一三”淞沪抗战时，诵芬堂北号由于身处苏州河北岸，属于日军势力范围。为了确保药铺员工人身安全和财产安全，北号暂时停止营业，大部分员工携带贵重药品转移至南京西路避难。不久，在上海静安区南京西路开设北号支店。当年年底，“雷允上诵芬堂北号”恢复营业。这样，雷允上诵芬堂药铺共有四家：苏州西中市的诵芬堂为总店，上海的诵芬堂有南号、北号、北号支店（后改名为西号）三家。太平洋战争爆发前，上海的分店由于地处租界内，损失比苏州总店小一些。

民国三十一年（1942年），设在苏州的日伪江苏省经济局无事生非，以凭空捏造的“诵芬堂抬高药价”为理由，勒令雷允上药铺停业，其实，是趁机勒索钱财。雪上加霜的是，药铺又遭遇药材货源中断的危机。当时，药铺进货依靠从云南、贵州、四川、陕西等地邮购。由于日伪军沿路设卡搜查，导致邮路常常中断。此外，药铺靠近阊门也遭受池鱼之殃。当时，日军在阊门城门口设岗，强迫来往的市民鞠躬，并且动辄搜身打人。如此，行人和郊外农民都不愿或不敢进出城门。以上种种原因，导致诵芬堂药铺营业额大幅下降。再加上当时物价飞涨，雷氏族人更是苦不堪言。这是雷氏家族事业的第三次衰落。

抗日战争胜利后，国民党军队又发动了内战。雷允上的营业状况虽然有所好转，但起色不大。当时，除了城门敞开不再设岗外，货源缺乏、邮路中断、物价飞涨等危机依然存在。为了雷氏家族的长远利益，为了诵芬堂药铺的百年大计，雷氏族人不怕家丑外扬，考虑再三后痛下决心，终于做出了“壮士断腕”的正确举措：罢免苏沪两地的经理。苏州沦陷前，诵芬堂经理雷学嘉去上海避难，对药店经营不闻不问。店内的事务全由员工维持，对外事务则由苏州市药业职工会派人来管理。如此，不但药铺员工不满，也激起雷氏族人的愤恨。最终，雷学嘉丢掉了经理职位。与此同时，上海雷允上诵芬堂的经理雷学乐也因为玩忽职守、谋取个人私利等原因遭到雷氏族人的强烈反对。以雷传钰、雷传湛为代表的族人联名将他告上法庭。经过法庭审理，被告败诉被判刑。当然，瑕不掩瑜，诵芬堂药铺的正面形象不容否定。经过整顿，加上时局逐渐好转，摆脱逆境困扰的诵芬堂又恢复了蓬勃生机。至中华人民共和国成立前夕，雷允上药铺仍然是苏州国药业的巨擘。无论是苏州的总店，还是上海的分店，其营业额在当地药铺中均名列前茅。

鲜为人知的是，雷允上药铺还为抗日战争和解放战争做出了一定的贡献。提起常熟的沙家浜，许多人并不陌生。抗战时期，新四军的18个伤病员来到常熟横泾乡（现改名为沙家浜），隐蔽在芦苇荡中养伤。根据这一真实故事改编的现代京剧《沙家浜》塑造了郭建光、阿庆嫂、沙奶奶、刁德一、胡传魁等栩栩如生的人物形象。当时，一批伤病员由于缺医少药，病情有所恶化。有的人受枪伤导致伤口流脓。打听到雷允上的六神丸治疗枪伤有奇效，新四军就派通讯员携款前往购买。一路上，通讯员冲破层层封锁来到苏州雷允上药铺。药铺经理得知原因后热情接待，并且吩咐员工做好保密工作，不许对外透露消息。因为六神丸等药品的需要量比较大，通讯员没有带足钱款，就与药铺商量要求写欠条。经理摇摇手，催促通讯员赶紧离开。据了解此事的沙家浜（原横泾乡）拥军模范钱芬老人回忆，那个前来买药的新四军通讯员曾经当过陈毅的通讯员。

民国三十六年（1947年），共产党领导的人民解放军在战场上不断取得胜利，国民党政府摇摇欲坠开始走下坡路。当时，作为“中共地下党员”的惠志方和方敬儒通过组织关系与雷允上取得联系，将药铺作为秘密联络站。中共地下组织以采购药材为名，常常在此召开秘密会议，配合人民解放军开展地下工作。借此良机，惠志方和方敬儒暗中对药铺员工进行形势教育，全店员工深明大义积极配合。有一次，国民党宪兵突然前来搜查。站在门口放哨的员工赶紧发出约定俗成的暗号。惠志方和方敬儒听见暗号后，立即打开暗室后门，解开泊在河边的小船安全转移。

值得颂扬的雷允上药铺，在战争年代谱写了一曲曲感人的拥军佳话。