同治末至光绪初，苏州和上海两家诵芬堂药铺在经营上仅能勉强维持。要走出困境，必须变革。光绪六年（1880年）六月，由“绮三房”雷子纯和“松五房”主持，经过雷氏家族共同商量，制定了高瞻远瞩的“中兴之策”合议书，掀开了诵芬堂药铺发展历史上崭新的一页。合议书既尊重历史上的有益传统，又修改了“分拨店业书”“定准章程”中不尽合理、挫伤“合族和睦”的部分规定。与会者一致推荐雷子纯为诵芬堂经理。从小聪颖好学的雷子纯成年后富有经营谋略，是最合适的接班人。

合议书中制定的店规，详细而规范。比如股金分配：药铺的资产实行股份制，原来外姓拥有的股份必须退出（平源记、童清记两家入股的300两纹银后来退股）。雷氏家族各房出银1000两，合计5000两，盈利亏损与投入资金挂钩，多盈多得，多亏多补不保本。在福利待遇上，规定员工的膳食由店内免费供应，宿舍也由药铺提供。在分配待遇上，雷允上员工与其他中小药铺员工相比，酬金往往高出一些。因此，这些员工工作比较安心，内部也比较团结，很少出现“跳槽”现象。

药铺的用人制度非常严格，赏罚分明。员工必须是本店学徒出身，否则不予录用。学徒工从最基本的“研铁船”“筛药粉”“泛丸药”开始。学徒三年期限内一律住宿在店铺。对家眷住在外地的已婚员工，每人每月只能轮流分三次回家。学徒进店一律剃平顶头。凡是吸毒、赌博、配错药、先动手打人者，轻则训责，重则除名。按照传统做法，技工、配药工多为江宁（南京）人，他们往往世代相传或沾亲带故，在技术上能把关。

雷氏子弟在本店当学徒，必须品德端正，经同族多数人认可。学业期间与外姓学徒一视同仁，同样要严守店规。根据雷氏族规，凡族人担任药铺经理，必须在前任缺席情况下，先尽长房长孙递充，后由其他族房依次递补。如果各房推不出合适人选，则由各房合议后，按照“少数服从多数”的原则，推荐出适当的人选。比如后来的雷学嘉、雷学乐分任苏、沪两地诵芬堂的经理，就是由各房合议后推荐的。

诵芬堂药铺的进料制度也十分严格。比如，麝香选用“杜字香”，珍珠选用“老港濂珠”。进货时严格验收，从经理到具体采购人，层层监督把关。凡是不符合质量要求的，不是网开一面下不为例，而是一票否决坚决退货。比如有一次，雷磐如不慎购进了次品珍珠，根据店规不但退货，而且本人也被迫引咎辞职。还有一次，一位老药工也不慎购进次品珍珠，验货部门坚决不收，只能退货。

雷允上诵芬堂成为著名药铺，主要以制度严明、管理严格为保障。药品精选地道药材，修合遵照祖法。从光绪二十八年（1902年）起，诵芬堂药铺业务蒸蒸日上，营业额与日俱增。每年夏季来临，生意特别好。出售的各类膏、丸、散丹药品多达15个门类300余种，主要品种有：诸葛行军散、八宝红灵丹、辟瘟丹、紫金锭、纯阳正气丸、小儿回春丹等，尤以六神丸为最。六神丸为黑色的细小颗粒，状如芥子，圆整光亮，以牛黄、麝香、蟾酥等名贵细料药材修合而成。它具有镇痛、消炎、解毒等功能，对烂喉丹痧、咽喉肿痛、喉风喉痈、单双乳蛾、乳痈乳癌以及无名肿毒等感染性疾病均有良好疗效。它既可内服又可外治，服用剂量小，但起效快，被人们誉为“中药抗生素”。民间也常常购买赠人，将此作为交往之间的雅事。同时，六神丸也受到海外华人与侨胞的青睐。

雷子纯为诵芬堂药铺的兴盛，力倡“中兴之策”，并且研制成六神丸，堪称劳苦功高。由于呕心沥血过度操劳而英年早逝，令人扼腕叹息。其子雷文衍遗传父亲的优点，青年时即自立，精于经营之术。庚申之变后，他在上海创建雷桐君堂药铺。药铺规模虽然不大，但在他的刻意经营下，业务也颇为火红。他从父亲手中得到六神丸药方后，就在苏州通和坊家中生产六神丸，然后运往上海药铺销售。当时，六神丸的年产量在2000料（计量单位，用于中医配制丸药，处方规定剂量的全份为1料）以上。

由于疗效明显，六神丸一时供不应求，顾客常常在店门口排起长队，构成一道特殊的风景线。于是，雷氏族人决定调整经营方向，以六神丸为主要产品集中经营。如此，雷桐君堂药铺独家经营六神丸的局面将被打破。为了雷氏家族的长远利益，宽厚仁慈的雷文衍顾全大局，毅然将自己在上海的药店关闭，同时，把六神丸的药方以及包装上的说明文字“雷滋蕃牌六神丸”改为“雷允上诵芬堂六神丸”，雷桐君堂药铺的所有员工也全部并入苏州的诵芬堂。此举得到雷氏族人的高度好评。为了表示感谢，诵芬堂药铺一次性付给雷文衍一万两银元，并且约定：每销售六神丸一料，雷文衍可提取三两纹银。后来，六神丸药方经过雷莲伯和雷理卿改进，疗效更加显著。