诵芬堂开业后，在各方面严格把关。俗话说得好：“药材好，药才好。”当时的苏州是江南最大的中药材市场之一，全国大部分地区的中药材都在这里囤积、周转和发售。选购药材一项，不仅学问深，生意经也不少。从长远利益考虑，诵芬堂非常注重进货渠道和药材质量，因而炮制出来的药丸，往往质优效好，很受顾客欢迎。比如选用黄连，就指定著名的“山阴连”品牌；楝树子，专门采购最为上乘的四川产地所产的；枸杞子，非甘肃出产的不可；止咳化痰所用的陈皮，坚持选用广东新会所产的“个大皮厚”橘皮；川贝也有考究，须选用四川松潘所产；枫斛的原料，称为铁皮石斛，选用在安徽霍山县山间的石缝所采的。采购来的药材存放在专门仓库内，有专人负责通风、晾晒等保管工作，有的还要进行初步加工整理，比如，一支当归药材就要分成“归头”“归身”和“归尾”三部分，各尽其用、各尽其妙。

药店店规严格，对招进来的药工进行业务培训，考核合格才能上岗。如此，店里的药工精通业务，人人都有一手过硬的本领。店里的抓药工，看方子不能看错，尤其要熟悉潦草字的写法，称药材不能少称，也不能多称。他们接到顾客递来的药方，便“按图索骥”，熟练地抓取所需的药材，开抽屉、关抽屉，从这瓶到那瓶准确抓取，熟能生巧，不看抽屉上标明的药名，就能一步到位“一次清”。各类药材计量称重后，分别用纸包好，每一帖药内，总有几个小包，先煎后煎的要分开包，小包有纸包的，有纱布包的，都必须分清楚。用鲜荷叶包装的，要用针在荷叶上刺出一排排的小孔，强调以人为本的细节服务。最后，附上“诵芬堂”的标签纸，将各个药包牢牢捆扎后递给顾客。整个过程如行云流水，一气呵成。

作坊内的制药工，也同样必须精通业务。煎、炒、渍、切、炙、碾、筛等，各道工序都要得心应手。单是“切片”这道工序，就要做到“薄似蝉翼，亮如鱼鳞”，如此切成的药片，不碎不斜，匀称美观，犹如一件艺术品。橘皮表面呈锅子形，要将其完整地一切为二也非一日之功。雷允上根据员工技术好坏评定等级，发放不同的酬金。店堂的抓药工也细分等级，分为头柜、二柜、三柜等。作坊（工场）的制药工则分为头把（刀）、二把（刀）、三把（刀）等。此外，还有厨师一名，烧饭做菜之外，兼司职磨药。店内另招收学徒几名，三年满师，满师后方能留在店内当正式伙计。

每天，雷允上都坐堂门诊。中医治病，讲究“望、闻、问、切”。望，望色，通过观察病人的脸色、舌苔等了解病情；闻，听声，通过听病人的呼吸等了解病情；问，问询，通过向病人问询了解病情；切，切脉，通过搭脉了解病情。如此，对症下药恰到好处。诊断后，立即开处方让药工配药。如此“一条龙”服务，病人不用东奔西跑，就能在店堂内配齐所有中药回家。对于远在农村划船而来的乡民，更是最大的福音。

雷允上待人热心，医术高明，用药考究，治病有奇效。他根据研究心得《要症论略》中的验方试验成功多种合成药，疗效显著。他还亲自上炉台，炼合丹丸，修合的丸、丹、膏、散，选药地道，有不少是用麝香、珍珠、西黄、犀牛角、猴枣、马宝等细料药材加工而成，所以药效特别灵。其中，以治疗霍乱的痧药“蟾酥丸”“诸葛行军散”最负盛名。“蟾酥丸”，从俗称“癞蛤蟆”的蟾蜍身上提取蟾酥而制成。如此，不值钱的“癞蛤蟆”变成了病人喜欢的“天鹅肉”。“诸葛行军散”相传为诸葛亮发明。当时，士兵在行军中，因为长途奔波，容易水土不服患上传染病。诸葛亮研制出这一治愈传染病的良药，该药即取名为“诸葛行军散”。后来，该药方失传。雷允上通过精心研究使之恢复，成功地创造了奇迹。乾隆二十年（1755年），苏州及附近各县水早疫情频繁发生，以后又多次发生疫情。在没有特效药的情况下，“蟾酥丸”和“诸葛行军散”这两种“神药”及时救治了许多病人。雷允上声名鹊起，每天前来配药和求诊者络绎不绝。

雷允上不但是一位儒商，还是一位儒医。他把多年问诊积累的实践经验写成医案著书立说，主要有《金匮辨证》《要症论略》《经病方论》《丹丸方论》《温毒病论》等。遗憾的是，这些宝贵的医书均毁于太平天国战乱。所幸的是，并非医书的《琴韵楼诗存》保存至今，弥足珍贵。乾隆四十四年（1779年），雷允上因病去世，享年84岁。雷允上有四子，雷楷、雷椿二子早丧，存世雷桂、雷兰。雷桂有四子和孙子多人，长子梦熊（号礼堂），次子梦麟（号耕堂），三子梦鹏（号绮堂），四子梦骏（号蕉园）。雷兰为庶出，其儿子叫梦鳌（号松圃）。雷桂规定：后裔分别称为礼大房、耕二房、绮三房、蕉四房、松五房；同时又规定：从“梦”字辈起，排辈起名依次为“荣、庆、文、学、传、家”。后来因为种种原因，从十八世起，不按辈分取名。

雷桂（1737—1811年），字宫蟾，号秋涛，晚号“粤西史隐”，为苏州雷氏第十世。他曾经署理广西苍梧县知县，50岁前后返乡继承父业，经营药铺达20余年。接管药铺后，他深感自己肩上的责任重大，于是，把自己从政的经验成功地运用到药铺的经营管理上。新官上任三把火，雷桂大刀阔斧整顿家务，制定了药铺经营发展规划和店规条文，以及对家业分配的规定。雷桂虽然没能继承父亲的医术，但努力钻研业务，学到了丸、丹、膏、散的制作技艺。嘉庆八年（1803年），雷桂又进一步完善有关规章制度，史称“秋涛立规”，主要内容有《订准章程》和《分拨店业书》。规章嘱咐家人“自拨之后，汝弟兄皆同心协力，料理店务，不许各存异见，以致参商”。同时，还严格规定各房子孙“不准另行开设诵芬堂药店，倘弟兄内有生端者，作不肖论”。（广陵书社2006年7月第1版《苏州名门望族》第411页）从诵芬堂的长远利益考虑，雷桂让三个儿子梦熊、梦麟和梦鹏共同参与经营。梦麟和梦鹏主管财务，负责营销和进货事宜。梦骏当时年纪尚幼，不问店事。在雷桂的努力下，诵芬堂顺利完成换代接班工作，日常经营依然红红火火。

嘉庆十六年（1811年），雷桂因病去世，享年74岁。他去世前立下遗嘱，将药店产权传给四个儿子和一个侄子（即雷兰的儿子雷梦鳌）。五房小辈各得产权的百分之二十。其中三房梦鹏长期独子单传，股权始终保持五分之一，成为大股东，而其他各房孙辈众多，股金分散，因而各房后代所持股权相差悬殊，这也为后来的门户之争埋下伏笔。尽管如此，他们还是齐心协力，共同谱写了诵芬堂药店的百年传奇。

乾隆、嘉庆年间，雷允上诵芬堂药铺生产的痧药蟾酥丸、卧龙丹、紫雪丹等急救药品广受病家欢迎。药铺资产已达纹银数万两之巨。制作药品的后坊扩大规模，分列为刀房、料房、杂房等部门。但好景不长，诵芬堂药店第一次出现危机。诵芬堂自开业后，依托“蟾酥丸”和“诸葛行军散”以及其他一些热门品种销售大江南北，获得丰厚的盈利，但这些治疗时疫的药品基本上只在夏秋季节热销，其他季节门庭冷落，营业寥寥。一些饮片以及丸、丹、膏、散的经营品种远不如附近的一些同行多而全。如此片面依靠名牌“单打一”，固守传统经营方式，导致营业业绩每况愈下。至道光六年（1826年），药店全部资产仅10000余两纹银，而负债却高达16000余两纹银。面对资不抵债的严重亏损局面以及同行的激烈竞争，店内人心惶惶，有些店员准备“跳槽”去其他药店。在这危急关头，四房的雷梦骏挺身而出。他说服家人，将自己名下应该支取的2990余两纹银补贴药店开支，从而缓解了经济危机。嗣后，药店又学习其他药铺的经商经验，弥补自身的不足。如此，诵芬堂才起死回生渡过难关。