影响电动自行车控制器的可靠性主要有功率器件损坏、控制器内部供电电源受损、控制器工作时断时续以及连接线磨损、接插件接触不良或脱落使控制器丧失控制信号等因素，以下分别进行说明。

功率器件损坏一般是由于电动机损坏、功率器件本身的质量差或匹配不当、功率器件安装不当或振动松动、电动机过载、功率器件驱动电路损坏或参数设计不合理等原因所致。

控制器内部供电电源受损，则可能是控制器内部电路短路、外部控制部件短路或外部引线短路引起的。

电动自行车控制器工作起来出现时断时续，一般是由于其器件本身在高温或低温环境下参数漂移、控制器功耗大使某些器件局部温度过高，从而器件本身便进入了保护状态，便会出现时而接通、又时而断开的现象。

连接线磨损以及接插件接触不良或脱落，一般是由于连接线材料选择不合理或没有对其进行合理的保护，所选接插件型号不好，造成不能吻合，从而使线束与接插件的压接不够牢固。