电动自行车电动机按其齿轮进行划分，将有齿轮减速机构存在的电动机称为高速电动机，而无齿轮不经减速直接输出转矩轮毂的电动机称为低速电动机（减速比小于3的链条减速传动电动机也算作低速电动机一类）。

电动自行车电动机的互换原则是：低速有刷电动机之间、高速有刷电动机之间、低速无刷电动机之间或高速无刷电动机之间一般不能互换。即使均为有刷电动机，若其速率不同，便不能互换，无刷电动机也是如此。因为低速与高速电动机之间在超过其额定功率运行，电动机转速下降时，低速电动机绕组反电动势下降较多，而高速电动机相对来说较小。其控制器限流保护值I与控制器输出电动势E_i、绕组反动势E_f由此公式进行说明：I=（E_i-E_f）/R。如此可见，若用低速电动机控制器驱动高速电动机，电动机负载加大时，E_i-E_f比原来要大，而电阻R相对较小，便会使控制器的限流保护值增大，从而易损坏控制器及蓄电池。

若用高速电动机与低速电动机代换应急，需用万用表20A电流挡，将表笔与限流保护电阻串联，由控制器给电动机供电，并给电动机施加负载至堵转，万用表的最大电流应为12～16A。若电流大于16A，可微调限流比较电位器或更换阻值稍大的采样电阻；若电流小于12A，则相反。微调或更换后再测其电流，直至其限流保护值为12～16A，方可代换。