“三水”即农田水利建设工程。

俗话说：“有收无收在于水。”通海垦牧公司是在荒滩上进行建设的，沿海防潮大堤把海水挡在外面，属“攘外”，内陆江河水利建设属“安内”，二者相辅相成，缺一不可。“安内”的主要工作是排涝、蓄淡，咸土洗盐淡化，关键在于保证河道的畅通，使雨水得以宣泄。为此，垦牧公司先后规划疏拓了9条大河，又建了8座闸、5座大桥和无数的涵洞与便桥。

9条大河是蒿枝港、小沙洪河、塘蒿河（桃花洪河）、海复镇中心河、北通沙河、新港河、淮安河、盐界河、川流港，其总长度为：干渠约72.5千米，支渠约26.7千米，外河约15.2千米。其中，盐界河早已坍入海中；川流港非川流河，址在七堤西南角，西北向东南走向，从东海中学向东入海，在新中国成立后的农田水利建设中因裁弯取直而消失。

8座闸是：十七八总船闸，廿一总船闸，合中闸（七门闸）；其余5座是水闸（西宁、天汾、吕四东北门、七堤北侧、东海中学东各一）。

5座大桥是：启东第一桥、大姑娘桥、石灰桥、牛桥、来鹤桥。

公司第八堤是牧场堤，地在三甲镇向东至头甲沈堤一带，饲养羊、牛、猪等。1904年因灾而半废，1914年经第二次董事会通过废牧改垦，这样垦牧公司就有垦无牧了。

在土壤改良上，采取蓄淡、种青、盖草、铺生等措施，收效甚好。

农田水利规划后，佃户住宅以窕、埭组合安排，南北向称“窕”，东西向称“埭”。全公司8个堤共有4486窕，每窕土地20亩，南北、东西长度之比为5∶2，每窕两侧是泯沟（与横河、小河、大河相通）。南端建住房，住房前是晒场，晒场前即东西向交通大路，也称“埭路”；住房后有宅沟，可蓄淡水、养鱼。总体布局整齐划一，体现了新时代的气息。