结核病是主要的致死性感染性疾病，特别是在发展中国家。结核分枝杆菌和HIV共同感染的概率很高，药物相互作用会经常发生。特别是利福霉素类如利福平，常常会因药物相互作用，导致HIV感染者的ART疗效降低。艾滋病患者结核病治疗原则与非艾滋病患者相同，主要治疗药物包括：异烟肼（H）、利福平（R）、利福布汀（LB）、乙胺丁醇（E）、吡嗪酰胺（Z），根据情况也可选择对氨基水杨酸钠（PAS）、阿米卡星（A）、喹诺酮类抗菌药物及链霉素（S）等。利福布汀可作为利福平的替代药物以降低对CYP450酶的诱导作用。

如果结核分枝杆菌对一线抗结核药物敏感，则使用异烟肼＋利福平（或利福布汀）＋乙胺丁醇＋吡嗪酰胺进行2个月的强化治疗，然后使用异烟肼＋利福平（或利福布汀）进行4个月的巩固期治疗。对于抗结核治疗反应延迟者，疗程应延长至9个月。中枢神经系统结核患者，疗程延长到9～12个月。

对于AIDS合并结核患者均建议先给予抗结核治疗2～4周后启动抗病毒治疗。鉴于免疫重建炎症综合征（IRIS）即使出现也很少导致死亡，目前主张尽早HAART。抗病毒治疗的时机根据患者病情决定。