高校在教育处分学生的过程中也应遵循法治的精神，即“正当程序”原则。然而高校管理带有“行政本位”色彩，缺乏程序观念和证据意识。不少高校被法院依法判决撤销处分决定，往往是因为处分程序不当或证据存在缺陷，突出表现在：一是没有保障学生的陈述权和申辩权。许多高校对学生进行处分，没有充分听取学生的陈述和申辩，通常是学生违纪后，处理部门找学生谈话后，就做出处理决定了。二是听证程序的意识和规定缺失。近年来，在高校管理的实践中，已经有听证的尝试。但仍有些高校欠缺法治意识，从思想上排斥学生与校方对话，从制度上不能保障学生的听证权利，或者即使有了听证程序的相关规定，也是讲讲形式、走走过场，根本达不到实际效果。三是救济渠道不畅通。《规定》中虽已赋予了学生多项救济渠道，但是如何真正落实学生的救济渠道和健全各级机构，是高校和教育行政部门需要进一步研究的课题。在申诉制度建立健全方面，有些学校为了保证其行使违纪处分权的绝对权威，维护学校的形象、面子，往往千方百计维持其原处分结果。而且实践中从申诉委员会的组成人员到程序，往往都由学校管理方面来主持和控制，使得这种申诉形同虚设。