主要表现在：一是许多高校对《规定》的条文理解和阐述不全面。如《规定》中第27条规定：未请假离校、连续两周未参加学校规定的教学活动的应予退学。应当理解为只有在4个条件同时具备时才予以退学：未请假、离校、连续两周、未参加学校规定的教学活动。而有些高校在制定本校规章制度时对这点的理解有偏差。二是许多高校内部的“小法”与上位法相冲突。校纪校规具有预先设定性，以及一定的权威性和强制性。它虽不具有法的全部属性，也不属于法的范畴，但它作为内部管理规范，是一种自治规则，在合法的前提下，可被认为是对法律、法规的一种补充或完善。但高校内部的“小法”必须符合地方的“中法”和国家的“大法”，不能仅从学校自身利益出发，擅自出台一些与上级规章或国家法律、法规及其精神相悖的规定。《规定》出台后，各高校纷纷根据《规定》修改校内的各项规章制度，但是由于高校管理者心目中还普遍存在一种从严治校的理念，在这一理念指导下产生的校纪校规不可避免地打上了“严”的烙印，形成了对法律、法规的“超位”，即与法律、法规不符，导致实体的不公正。