起始穴位也可以叫作本经首开穴，本经也称为值日经。每个经脉首开穴均为值日经五输穴的井穴。常规计日方法是从每日的子时起为一日的开始，直至亥时结束。子午流注纳甲法起始穴位的确定不是按常规计日方法，而是从首开穴的时辰起，到重见日的时辰（日干重见）止，共计11个时辰为一日，这11个时辰是各经脉值日的时间段。我们将常规的计日形式称为常规日，将子午流注的计日形式称为值日时间段。

值日经脉的确定是根据《十二经脉纳天干》的原理，当经脉的代表天干与日天干和时辰天干相一致时，从开井穴的时辰起到重见日的时辰（日干重见）止，即为该经值日。而起始穴位是从该值日经的井穴开始。如：甲日甲戌时胆经值日，从胆经井穴窍阴开始；乙日乙酉时肝经值日，首开穴位是肝经井穴大敦；其余日子、时辰、穴位，以此类推。图 3-9示子午流注纳甲法逐日起始时辰及首开穴位图。

一日之中共计12个时辰，十日共计120个时辰，依照这个规律，六十甲子在10日中应该循环两次。但由于每条经脉每日中值日11个时辰，10日共计值日110个时辰，这样如果到癸日与丑相配时，经脉的值日就无法与下一轮值日的起始时辰和起始穴位进行承接。为了使新一轮值日经脉与首开穴时辰正常接轨，所以在癸日开肾经井穴时，时辰天干应与地支亥进行相配。这种方法，类似我国农历中的闰月。

子午流注的起始时辰的天干是从天干甲至癸，共计10个。地支是从戌至寅，共计9个，如果从地支寅顺推至亥，那样地支也是10个。根据六甲旬空的原理，甲寅旬中子丑空，因此，天干癸必然与在旬内的地支亥进行相配，而不能与旬空中的地支丑进行相配。这一部分不好理解，可以记住：“癸亥时是肾经的起始时辰”。

现代科学研究证明，自然界的任何动物和植物，在一日中都有它的生命节律，被称为生物钟，一般都在19～25小时范围之内。按照这个规律，人体的生物钟在一定时间段内就会产生误差。我国古人就是运用这个原理，将癸日从丑时至戌时这10个时辰作为调整生物钟的时间段。