子午流注就是时间空间和运动的统一，是中国古代“人天合一”理论的具体体现。人是大自然的组成部分，人的生理活动、生活作息应该符合自然规律，不可违逆自然规律。经脉气血也会受自然界影响而发生盛衰变化，这是子午流注的根本。子午流注是运用人体气血流注的运行规律，结合经脉中具有远治功能和治本功能的腧穴，选择最佳的有利治疗时机，对有关经脉进行调节，从而起到治疗和保健作用的一种逻辑思维形式。

（一）天人合一的宇宙观

《黄帝内经·素问·阴阳应象大论》：“夫阴阳者，天地之道也，万物之纲纪，变化之父母，生杀之本始，神明之始也”。人和宇宙间的万事万物一样，其生长与消亡，都直接受阴阳二气的影响。《黄帝内经·灵枢·岁露论》：“人与天地相参，与日月相应也。故月满则海水西盛，人血气积，肌肉充，皮肤致，毛发坚，腠理郄……”。《黄帝内经·灵枢·痈疽》：“经脉留行不止，与天同度，与地合纪。故天宿失度，日月薄蚀；地经失纪，水道流溢，草蓂不成，五谷不殖；径路不通，民不往来，巷聚邑居，则别离异处。血气犹然，请言其故。夫血脉营卫，周流不休，上应星宿，下应经数”。自然界是一个大宇宙，人体是一个小宇宙，自然界中的现象，在人体中都能显现出来。“故有寒暑，寒则皮肤急而腠理闭；暑则皮肤缓而腠理开”。

《黄帝内经·素问·离合真邪论》：“夫圣人之起度数，必应于天地，故天有宿度，地有经水，人有经脉。天地温和，则经水安静；天寒地冻，则经水凝泣；天暑地热，则经水沸溢；卒风暴起，则经水波涌而陇起。夫邪之入于脉也，寒则血凝泣，暑则气淖泽。虚邪因而入客，亦如经水之得风也，经之动脉，其至也亦时陇起，其行于脉中循循然。其至寸口中手也，时大时小，大则邪至，小则平，其行无常处，在阴与阳，不可为度，从而察之，三部九候。卒然逢之，早遏其路……”。人处于天地之间，必然会受到天地运行的影响，同样人体经脉的运行也会受天地的影响，子午流注纳甲法正是将自然界中的阴阳五行规律运用到人体十二经脉之中。《黄帝内经·灵枢·刺节真邪》：“请言解论，与天地相应，与四时相副，人参天地，故可为解。下有渐洳，上生苇蒲，此所以知形气之多少也。阴阳者，寒暑也。热则滋雨而在上，根茎少汁，人气在外，皮肤缓，腠理开，血气减，汗大泄，皮淖泽。寒则地冻水冰，人气在中，皮肤致，腠理闭，汗不出，血气强，肉坚涩。当是之时，善行水者，不能往冰，善穿地者，不能击冻，善用针者，亦不能取四厥。血脉凝结坚搏，不往来者，亦未可即柔。故行水者，必待天温，冰释冻解，而水可行，地可穿也。人脉犹是也”。

（二）候气逢时的时空观

哲学认为：世界是物质的，物质是运动的，运动是有规律的，规律是可以掌握的。经络是人体的正常组织结构，人体经络的运行以及与经络有关的功能必定有其运动规律。人处于天地之间，必受天地的影响。经络的运动，也一样受天地的影响，天地的运动就是时间的基础，因而经络的运动与时间有密切关系，这就是子午流注理论的基础。《黄帝内经·灵枢·卫气行》：“卫气之在于身也，上下往来不以期，候气而刺之，奈何？……是故一日一夜，水下百刻，二十五刻者半日之度也，常如是毋已，日入而止，随日之长短，各以为纪而刺之。谨候其时，病可与期，失时反候者，百病不治。故曰：刺实者，刺其来也，刺虚者，刺其去也。此言气存亡之时，以候虚实而刺之，是故谨候气之所在而刺之，是谓逢时。在于三阳，必候其气在于阳而刺之，病在于三阴，必候其气在阴分而刺之”。《黄帝内经·灵枢·顺气一日分四时》：“……脏独主其病者，是必以脏气之所不胜时者甚，以其所胜时者起也。治之奈何？顺天之时，而病可与期，顺者为工，逆者为粗”。在长期的医疗实践活动中，我国历代医家将与时间和空间有关联的阴阳五行物质运动规律直接运用到治疗疾病的过程之中，由此建立了我国特有的时间医学，这就是“子午流注”。