“子午”二字，在五行学说中把它作为阴阳的象征，并将“子”作为阳之始，将“午”作为阴之始。因此，在阴阳五行学说中，子午两个时辰作为一日之中阴阳现象的分界线；子午两个月作为一年之中阴阳现象的分界线。

《针灸大全》中论述：“子午流注者，谓刚柔相配，阴阳相合，气血循环，时穴开阂也。何以子午言之？曰：子时一刻，乃一阳之生，至午时一刻，乃一阴之生，故以子午分之而得乎中也。流者，往也。注者：住也”。

“子午”二字，具有时辰、阴阳、方位等含义。子午，即时间变化。流注，即十二经脉气血运行的过程，以及在十二经脉的井、荥、输（原）、经、合等特定腧穴上所呈现的气血盛衰情况，由于年、月、日、时等时间的变化而相应地有所不同，根据这个原理，按时选穴进行治疗，即为子午流注针法。

经穴功能按时旺衰是子午流注针灸按时选穴的理论依据。气血是维持人体功能的最基本的物质，人体功能活动全赖气血的运行，气血在各部位包括脏腑的功能代谢中发挥着重要作用。由于腧穴是经络之气输注于体表的部位，它必然反映相应部位气血的功能状况。如气血旺盛，则血行有力，经络腧穴功能也随之表现；气血衰微，则血行弱，经络腧穴的功能也随之减弱。我们知道经络具有双向性，同时经络也是运动着的，腧穴的气血变化也会随着经络的运动而发生变化。对于某一具体的经穴来说，其功能在某一时刻的旺衰，决定因素之一就是此时此刻此处的气血状况。由于气血呈周期性循环流注，经穴中的气血也会呈周期性衰旺的变化，其功能也必然有周期性按时旺衰的变化。气血运行受天地影响，受人体自身影响，气血运行如海洋之潮汐，有涨有落。气血流注某经，如潮涨，气血旺而功能强。气血流过如落潮，气血衰而功能弱。气血功能旺盛时的经穴称开穴或时穴，气血衰微时的经穴称闭穴或阖穴。气血在经穴中有规律的旺衰改变，为经穴功能节律性开阖提供了物质基础，同时也是择时取穴的重要依据。由于经脉具有双向性，机体的功能状态会反映在与之相应的经穴之上，而经穴功能又按时旺衰，因此在经穴功能处于有利的状态时进行治疗，就能取得理想疗效。

子午流注纳甲法遵循《黄帝内经》“善言天者必应于人”之旨，秉承人天合一理念，主张以人为本，人与天地自然和谐统一。真正的子午流注理论概念应该是十二经脉在连续10天内的120个时辰当中气血流注的规律。