针灸刺穴浅深，多按照《铜人》《素注》，但是多有不一致之处。纵观所有腧穴，我们会发现腧穴并不是一个点，而是一个由浅入深的立体结构，腧穴可以从皮下到达骨膜。腧穴的深浅、病处所在、疾病的深度等决定治疗方法的选择，决定针刺的深度，艾灸的时间，刮痧、点穴（指针）、按摩的力度以及选择用药等。穴位的深度大致可以分为：有在皮下者，有到肉间者，有到动脉上者，有到筋者，有到骨者，这五类由皮肤浅层逐渐深入，最后到骨膜。不同腧穴所处的局部组织结构不同，其深浅也会有所不同，局部组织结构决定腧穴深浅，所以穴位的分寸不必拘泥于书本，应因人而异，因部位而异。一般根据人的肥瘦、局部厚薄，取穴在手足，在臂腿，在胸腹背等具体情况来定。

腧穴所处的局部组织结构，正是人体组织由浅入深的结构，它们分别对应：肺、脾、心、肝、肾五脏，与肺主皮毛、脾主肌肉、心主血脉、肝主筋、肾主骨相符合。《黄帝内经·灵枢·官针》：“凡刺有五，以应五脏，一曰半刺，半刺者，浅内而疾发针，无针伤肉，如拔毛状，以取皮气，此肺之应也。二曰豹文刺，豹文刺者，左右前后针之，中脉为故，以取经络之血者，此心之应也。三曰关刺，关刺者，直刺左右尽筋上，以取筋痹，慎无出血，此肝之应也；或曰渊刺；一曰岂刺。四曰合谷刺，合谷刺者，左右鸡足（指放松肌肉），针于分肉之间，以取肌痹，此脾之应也。五曰输刺，输刺者，直入直出，深内之至骨，以取骨痹，此肾之应也”。另《黄帝内经·灵枢·邪气脏腑病形》：“刺之有道乎？刺此者，必中气穴，无中肉节。中气穴，则针游于巷；中肉节，即皮肤痛；补泻反，则病益笃。中筋则筋缓，邪气不出，与其真相搏，乱而不去，反还内着。用针不审，以顺为逆也”。

在针刺时，下针刺不到位或者针太深会伤及无辜，不仅不能解决疾病问题，反而会引起其他病变。《黄帝内经·素问·长刺节论》：“刺家不诊，听病者言，在头头疾痛，为藏（藏：深，从上到下或从外到内的距离大）针之，刺至骨，病已，上无伤骨肉及皮，皮者道也”。《黄帝内经·素问·刺要论》：“病有浮沉，刺有浅深，各至其理，无过其道，过之则内伤，不及则生外壅，壅则邪从之。浅深不得，反为大贼，内动五脏，后生大病。故曰：病有在毫毛腠理者，有在皮肤者，有在肌肉者，有在脉者，有在筋者，有在骨者，有在髓者。是故刺毫毛腠理无伤皮，皮伤则内动肺，肺动则秋病温疟，泝泝然寒栗。刺皮无伤肉，肉伤则内动脾，脾动则七十二日四季之月病，腹胀烦不嗜食。刺肉无伤脉，脉伤则内动心，心动则夏病，心痛。刺脉无伤筋，筋伤则内动肝，肝动则春病，热而筋弛。刺筋无伤骨，骨伤则内动肾，肾动则冬病，胀腰痛。刺骨无伤髓，髓伤则销铄䯒酸，体解㑊然不去矣”。《黄帝内经·素问·刺齐论》：“刺骨者无伤筋，刺筋者勿伤肉，刺肉者无伤脉，刺脉者无伤皮，刺皮者无伤肉，刺肉者无伤筋，刺筋者无伤骨……刺骨无伤筋者，针至筋而去，不及骨也。刺筋无伤肉者，至肉而去，不及筋也。刺肉无伤脉者，至脉而去，不及肉也。刺脉无伤皮者，至皮而去，不及脉也。所谓刺皮无伤肉者，病在皮中，针入皮中无伤肉也。刺肉无伤筋者，过肉中筋也，刺筋无伤骨者，过筋中骨也。此之谓反也”。特别是在针刺胸腹背部腧穴时，一定不能深刺，防止刺入胸腹腔而导致五脏六腑受损。

一年四季人体皮肤的致密程度有所变化，因此，腧穴的深浅也会随着一年四季的变化而变化。

针刺时，选用针的大小、长短也会影响疾病的治疗效果。《黄帝内经·灵枢·官针》：“凡刺之要，官针最妙。九针之宜，各有所为，长短大小，各有所施也。不得其用，病弗能移。疾浅针深，内伤良肉，皮肤为痈；病深针浅，病气不泻，支为大脓。病小针大，气泻太甚，疾必为害；病大针小，气不泄泻，亦复为败。失针之宜，大者泻，小者不移”。由于肉有薄厚、穴有深浅，因此，针刺时要把握深浅，艾灸时要把握时间长短，按摩、刮痧时要把握有力度，同时注意取穴体位，才能真正达到“气至而有效”。

另外，腧穴下方有动脉时一定要小心，不能刺破动脉，防止刺破脉管而导致出血不止。《黄帝内经·素问·刺禁论》：“刺跗上中大脉，血出不止死。刺面中溜脉，不幸为盲。刺头中脑户，入脑立死。刺舌下中脉太过，血出不止为喑。刺足下布络中脉，血不出为肿。刺郄中大脉，令人仆脱色。刺气街中脉，血不出为肿，鼠仆”。