在相当长时间里只是在党争旋涡周边被波及后，钱谦益终于在崇祯元年被卷入旋涡中心。先一年，崇祯皇帝朱由检继承了兄长朱由校的皇位，并几乎以一人之力剪除了朝野内遍布亲信的魏忠贤，对“阉党”进行打击。在此情形下，此前被阉党打压得奄奄一息的东林党重新崛起。内阁中原来的几位阁臣，黄立极、施凤来、张瑞图等人，因天启年间依附魏忠贤，均于崇祯元年三月被罢黜，新补阁员——首辅李标、次辅钱龙锡及刘鸿训等人——不是东林人士便是与东林有渊源的清正之士。因此，崇祯初年的内阁，称为东林内阁也不为过。更由于阉党被清除，朝中占据重要岗位的官员多是东林人士或者同情东林的人。