朱棣以军事手段夺取帝位，“篡夺”的阴影始终笼罩着他。“奉天靖难”的旗帜打了四年，虽然侥幸成功，但其难以自圆其说大概没有人比朱棣更清楚。以惨无人道的手段把忠于建文帝的诸臣当作叛逆和奸臣诛杀，倒是顺着“靖难”的逻辑了。就像朱棣在永乐初年任命的都察院都御史陈瑛诛杀建文忠臣时所说的，“不以叛逆处此辈，则吾等为无名”。屠杀前后达十余年，直到永乐十一年（1413）才“解建文诸臣禁令”。然而，问题是，靖难之役不只是诛杀了几个“奸臣”，而是把皇帝也烧死了或至少是弄得下落不明了，自己再顺理成章地做了皇帝，这又到底是“靖难”还是篡位呢？在当时民间，尤其在江、浙等南方地区，同情建文帝的大有人在。临海人高贲亨在《东湖樵夫传》中记载了当地一名樵夫，鬻薪于东湖之上，当人们告诉他说：“燕王为天子矣。”樵夫说：“真的吗？那当今皇上在哪儿呢？”别人告诉他建文帝已死，樵夫随即便投水而死，以示不齿于生活在朱棣的新政权下。此故事本身未必真实，但其所反映出的永乐初年民间的不合作精神却是真实的。这样的舆情民意，朱棣不会不知道。在其统治的数十年中，篡夺的阴影其实犹如原罪一般始终伴随着他。对于合法性的迫切追求，是永乐皇帝的最大心结，我们也可以此窥测到他一系列做法背后的心理动机。因此，如何走出篡夺的阴影，是他此后数十年努力的方向。