朱元璋是一个有经验的统治者，因为他有三十余年的奋斗经历。但是，他也是一个苛察的统治者，是一个过于自信的统治者。他在《祖训录》中告诉子孙们，要以法治国，切勿“法外用刑”，但唯独自己可以“法外用刑”，是因为自己“亲理天下庶务，人情善恶真伪无不涉历”，“创业之初备尝艰苦，阅人既多，历事亦熟，比之生长深宫之主未谙世故及僻处山林之士自矜己长者，甚相远矣，……人之情伪，亦颇知之”。这种矛盾的陈述，透露出开国之主极强的自负。在朱元璋的统治术中，参度人情的善恶真伪是他实施奖惩的一个重要前提。然而，以人情善恶为标准法外用刑，就难免有偏重之嫌。

在朱元璋的官僚机构中，大致包括以下几部分人：一是皇亲国戚；二是军功贵族；三是元末留下进入新朝的官吏；四是新进的人才。前两类相对来说属于少数，后两类大概构成官僚机构的主体。无论是出于惯性，还是经验，从元朝入明的官吏们，必然会沿袭元朝以来的统治习惯。新进的人才，在治理经验上，又难免也要向有经验的人学习。所以，明初“明承元制”的特性还是很明显的，而一些为朱元璋所仇视的管理弊病，也同样传承下来了。不幸的是，朱元璋这位平民出身的皇帝，在与官僚机构打交道的过程中总是带着紧张和仇视的情绪，因为他对于元代以来官吏的贪腐有切肤的痛感，对其运行机制又缺乏同情之理解。洪武朝中最有名的两桩案件——空印案与郭桓案，则可以说是皇权与整个官僚机构为敌。

空印案发生在洪武九年。按照规定，每年各布政司与府州县都要派人到户部报告地方财政收支的账目。在户部与各地的财政收支核对中难免会有数字上的误差，或者难免有人为造成的错误。于是，从各地到南京来的官吏往往带上事先盖好了衙门印信的空白的报销册，一旦原报销册有问题被户部驳回，可以在南京就地修改。这本是公开的秘密，方便可行，且省去来来往往旅途的麻烦。然而，当朱元璋发现这一秘密后大怒，说：“如此欺瞒我！”他断定其中必然有腐败行径，下令：各地方衙门的长官主印的一律处死，副手杖一百然后充军。各部尚书一时也多被处死。当时，有位名叫郑士利的人上书说，空印册是权宜之策，并不是官吏刻意用来虐害老百姓，也不是用来故意欺骗朝廷，且国家立法，必先明示天下，而后才可以依法究治。但是从开国以来，并没有不准空印报销册的律文和规定，而各地政府相沿旧习，也一直以来并不认为这是一种罪行，现在却要为此大开杀戒。而且，国家培养人才不易，做到知府、知州这样的官职都是几十年磨炼出来的，如今却要像割草一样割掉。朱元璋收到奏疏后，怀疑郑士利受人指使，后来一直查不出后台，于是将郑士利罚作匠役。然而，朱元璋的惩罚措施却丝毫不差地施行了，各地官员被杀不少，“内外官员坐累过半”。洪武十八年，户部侍郎郭桓与各地官吏协同舞弊，侵吞朝廷税粮。这起案件证据凿然，郭桓自是该死，但一时被杀的官吏达几万人，追赃破产的地主家庭更是不计其数，整个案子有扩大化的嫌疑。

两件大案过后，士大夫们的精气神彻底地被朱元璋的淫威摧垮。朱元璋授官很任意，而官员一旦不称职就会受到严厉的惩罚。他在《皇明祖训》中谈用人说：“凡人之奸良，固为难识。惟授之以职，使临事试之，勤比较而谨察之，奸良见矣。若知其良而不能用，知其奸而不能去，则误国自此始。”因此，洪武一朝的官吏，常常到任时间不长就触犯了法网，能够任满的官员很少。朱元璋在洪武十九年的《大诰续编》中就说：“自开国以来，惟两浙、江西、两广、福建所设有司官，未尝任满一人。”十九年内，五省的官员均不能任满，这难道只是官员的问题吗？轻易地试用，稍有过错即加严惩，何尝不是在戕害人才呢？用朱元璋的话来说：“十年灯窗之苦，不数月一时尽丧！”