淳熙九年（1182），朱熹弹劾台州知州唐仲友贪腐。唐仲友背景颇为显赫，他比吕祖谦更早考中进士和博学宏词科，在思想上比较接近旧的世儒，反对道学人士所谓国家处于文化危机的看法。唐仲友与宰相王淮是同乡，且有姻亲关系，因此朱熹对唐仲友的弹劾目的并不单纯，矛头直指以王淮为首的反道学的官僚群。孝宗将朱熹的奏章拿给王淮，王淮知道孝宗崇信苏轼的学问，于是以学派之争加以解释：“朱，程学；唐，苏学。”孝宗遂对朱熹的弹劾置之不论。

唐仲友一案引发南宋关于道学的第一次重大争论，吏部尚书郑丙率先发难，上书指责“近世士大夫有所谓‘道学’者，欺世盗名，不宜信用”。王淮擢用的监察御史陈贾紧接着批评道学士人“假名以济其伪”，对他们的政治活动渲染夸张，罗织“道学朋党”的名目。孝宗向来忌讳大臣结成朋党，陈贾的奏章引起他的重视，朱熹遂被差管台州崇道观，不久退居武夷精舍著书讲学。由朱熹弹劾唐仲友而引发的争论，开启了道学集团与反道学的官僚集团之间的分化，《宋史》称“庆元伪学之禁始于此”。

淳熙十四年（1187），宋高宗去世，激发了孝宗对“国是”进行重大调整的想法。高宗虽把皇位禅让给孝宗，但仍在实际上控制着朝政，他定下对金和议的国策，孝宗虽有锐意恢复之志，但受制于高宗而不得顺遂。高宗去世后，孝宗决意改变多年来务求“安静”的因循政策，渴望开创一个积极有为的新局面，为他毕生向往的“恢复”奠定基础。孝宗把希望寄托于以改变现状、重建秩序为政治取向的道学集团，先后擢升与道学集团关系密切的周必大为右相、留正为参知政事兼同知枢密院事，又罢免了王淮宰相之职，一批道学人士入朝为官。

淳熙十五年（1188），孝宗召见朱熹，表达了要重用他的意思：“知卿刚正，只留卿在这里，待与清要差遣。”孝宗任命朱熹为兵部郎官，朱熹以足疾推辞。道学集团受到重用，正是反道学官员所忌惮的，兵部侍郎林栗遂以朱熹辞官为借口展开参劾。林栗与朱熹有宿怨，年初讨论高宗庙号时，林栗的建议被朱熹门人詹体仁驳倒，林栗引以为奇耻大辱。六月，林栗又与朱熹讨论《易》和《西铭》不欢而散，朱熹奚落林栗的见解甚为可笑。林栗不满朱熹以道学为正统而排斥其他学说，上书称朱熹“本无学术，徒窃张载、程颐之绪余，以为浮诞宗主，谓之‘道学’，妄自推尊。所至辄携门生十数人，习为春秋、战国之态，妄希孔、孟历聘之风，绳以治世之法，则乱臣之首”。他批评朱熹得除郎官而傲慢不满，不肯供职，请求将朱熹停罢，以为事君无礼者之戒。

林栗的奏章并不仅仅针对朱熹一人，还包括了一切与朱熹气类相近的士大夫。叶适上书反驳：“凡栗之辞，始末参验，无一实者。至于其中‘谓之道学’一语，则无实最甚。利害所系，不独朱熹，臣不可不力辩。”叶适向来不接受朱熹将道学狭隘化为程朱学派的做法，在这次上书中他指出，道学比朱熹使用的意义更广泛，许多致力于革新弊政的官员都与道学有关，一些人对道学的攻击是出于私利。叶适将林栗的奏章与淳熙十年郑丙、陈贾的行为联系起来，指出“道学”一词已经成为反道学官员打击异己的工具，“见士大夫有稍慕洁修，粗能操守，辄以‘道学’之名归之”。另一位官员尤袤也提出类似的意见，对孝宗说：“此名（道学）一立，贤人君子欲自见于世，一举足且入其中，俱无得免，此岂盛世所宜有？”叶适和尤袤的上书，表明当时在道学集团与反道学官员之间存在着激烈的争斗，而朱熹由于身份特殊，成为争斗的焦点。林栗上书后，朱熹辞官，回程途中给周必大写信表示“今遂投迹山林，不容复出”。