《三国演义》第四十回，写有曹操杀孔融的故事，其情节如下：

建安十三年（公元208年）七月，曹操率大军南征刘表，太中大夫孔融谏曰：“刘备、刘表皆汉室宗亲，不可轻伐；孙权虎踞六郡，且有大江之险，亦不易取。今丞相兴此无义之师，恐失天下之望。”操怒曰：“刘备、刘表、孙权皆逆命之臣，岂容不讨！”遂叱退孔融，下令：“如有再谏者，必斩。”孔融出府，仰天叹曰：“以至不仁伐至仁，安得不败乎！”时御史大夫郗虑家客闻此言，报知郗虑。虑曾被孔融侮慢，心正恨之，乃以此言入告曹操，且曰：“融平日每每狎侮丞相，又与祢衡相善，……向者祢衡之辱丞相，乃融使之也。”操大怒，遂命廷尉捕捉孔融，……尽收融家小并二子，皆斩之，号令融尸于市。

查诸史籍，并未见有孔融反对曹操南征，并说“以至不仁伐至仁”因而被杀的记载。这段故事，基本上是虚构的。

《三国志·魏书·崔琰传》裴注引《魏氏春秋》：

（建安）十三年，（孔）融对孙权使，有讪谤之言，坐弃市。

二子年八岁，……遂俱见杀。

这一历史资料说明，孔融“对孙权使，有讪谤之言”，才是曹操杀孔融的直接原因。

《三国演义》的作者虚构这一曹操杀孔融的故事，是为了渲染曹操的负面形象。所说的“至不仁”，就是“最为不仁”“极其不仁”。作者是在通过孔融之口辱骂曹操，鞭挞曹操。

还应该指出，曹操杀孔融还有深层的原因。《后汉书·孔融传》记载：“操子丕私纳袁熙妻甄氏。融乃与操书，称‘武王伐纣，以妲己赐周公’。操不悟，后问出何经典。对曰：‘以今度之，想当然耳。’……时年饥兵兴，操表制酒禁，融频书争之，多侮慢之辞。又尝奏宜准古王畿之制，千里寰内，不以封建诸侯（这意味着曹操不可以居邺）。操疑其所论建渐广，益惮之。”这些内容表明，孔融戏侮曹操，激怒了曹操。与此同时，曹操还担心孔融成为他“篡汉”事业的障碍。所以最后借故处死了孔融。