虽然最高法院认为，“从战争本质来看，交战双方应该停止通商”，但南北方之间的贸易规模依然很大。南方通过棉花换取金钱或急需品，华盛顿政府也曾鼓励南北贸易。通商的意图是好的。如果从国会法案、总统公告、财政部长的指令及战争部长与海军部长的命令角度撰写南北通商的历史，可以肯定的是，一个棘手的问题已经得到解决。在北方占领的南方邦联地区，财政部长萨蒙·P.蔡斯派专员去管理当地财产。财产应该属于忠于国家的人，为了国家利益拍卖。财政部派去的专员和其他官员向“忠诚人士”发放了许可证，允许他们与北方通商，但超出国民军战线以外的所有商业活动均被严禁。财政专员还受命与各军指挥官商议，在一定程度上，指挥官与授予许可证的“忠诚人士”对军事机关负责，但由财政部长直接管理。财政部长对“总统许可的商业往来”进行监督。其他形式的南北贸易皆属于违法行为，一经发现，没收全部商品。

然而，1864年，由于贸易局势紧张，道德规范松弛，南北方的商业往来受到影响。1864年初，波士顿的棉花价格为每磅八十一美分，后来一直稳步上涨。1864年8月底，如果用国家流通纸币购买棉花，每磅棉花的价格为一点九美元。在南方邦联，用黄金购买棉花的价格是每磅十二至二十美分。两地的棉花价格差异悬殊，中间利润十分诱人。因此，很多人经不住诱惑，违反政府规定进行交易。相关数据表明，北方通过合法贸易获得的棉花比英国从美国走私商人那儿获得的棉花多。研究南北贸易的学者对此并不惊讶。美国的大部分棉花出自南方邦联管控的区域，南方军民用棉花换取急需物资。棉花贸易使南方受益颇多。新英格兰和中部各州得到棉花后，会立即投入生产。如果完全依赖进口商品，即使缩短工时，也不会给工人造成困扰。北方对劳动力的需求迅速增加。人们在其他行业也很容易找到工作。在洛厄尔，1862年的纺织业罢工事件影响深远。当时，储蓄银行的存款大幅增加。印度棉可以用来生产一些生活必需品，其他棉纺织品可以用羊毛代替。然而，通过棉花贸易，南方得到了盐、奎宁、弹药武器和其他军需品^[15]。