长孙皇后逝世之后，李世民的日子很不好过。皇子们缺少了母亲的管教，开始相互挖墙脚。先是四皇子李泰在背后搞小动作，太子李承乾被迫谋反，然后李泰公然许诺“我当了皇帝，就杀了自己的儿子，把皇位传给弟弟”。

看着两个皇子为了争夺皇位，到了你死我活的程度，尤其是具体经过几乎就是当年自己跟哥哥李建成争夺皇位的翻版……前所未有的孤独感向李世民铺天盖地地袭来，一生骄傲的李世民为此伤心到了极点。他拔出佩刀，意欲自刎，长孙无忌等人一拥而上，总算“制服”了不想活的皇帝李世民。

长孙无忌对太宗李世民说：“您现在到底想立谁为太子？”

李世民哽咽地说：“立李治为太子吧！”

李治是长孙皇后所生的幼子，自从长孙皇后死后，一直留在太宗李世民身边，由他亲自抚养。

长孙无忌听了太宗的话，一颗悬着的心总算落了下来。因为无论再怎么改立太子，继位的都是长孙皇后生的儿子，是他的亲外甥。于是，长孙无忌毫不犹豫地在李世民面前跪了下来，“臣听陛下诏命！如有异议者，请允许我为陛下斩之！”自此，性格柔弱的李治当上了皇太子。

唐太宗李世民是很偏心的，在他众多的子女当中，他最宠爱的儿女都与长孙皇后密切相关，不是长孙皇后所生，就是长孙皇后收养的。

太子李承乾虽然被废，但太宗李世民对长子的感情却不差。李承乾是李世民和长孙皇后的长子，在帝王之家，长子有着极为特殊的地位。贞观五年（631），因为李承乾患病，不是佛教徒的李世民也开始病急乱投医，他下令修建了普光庙和西华观并为狱中的囚徒减罪，以此来为李承乾祈福。

两年以后，李承乾再次患病，太宗下诏请印度高僧波颇入宫为其祈福治病。因为这个儿子体弱多病，太宗不忍其多读书，只要求其跟孔颖达评论古事。

有一次，太宗让太子李承乾试写一篇治国策略，李承乾很快写了三页纸，内容很有价值，于是太宗很得意地向侍臣们炫耀儿子的能力。贞观十五年（641）十二月，为了巩固李承乾的太子地位，李世民下令三品以上官员嫡子皆事东宫，以保证重臣都团结在太子周围，大力支持太子。

贞观十六年（642），太宗李世民诏令皇太子李承乾出用库物不设上限，李承乾上表推辞，太宗以“冢嫡”“有殊”的理由驳回了李承乾的辞谢。

长孙皇后死后，李承乾犯了谋反重罪，按律当死。可是，他毕竟是长孙皇后所生的儿子，太宗不忍杀他，群臣也没人敢说要治太子死罪的话。

最后，通事舍人来济对李世民进言说：“陛下不失为慈父，太子得尽天年，则善矣！”这句话正合李世民的心意，后来，能猜出太宗心意的来济也因此得到重用。

李承乾死后，太宗专门为他罢朝。可见，无论他们父子之间的矛盾有多深，只要是长孙皇后的孩子，太宗都会网开一面。