新帝登基

李世民登基之后，原东宫和齐王府的女眷则全部没入宫中，成为李世民后宫的一部分。其中最著名的女子是齐王李元吉的妻子杨氏，李元吉死后，杨氏被李世民纳为妾，但没有正式封号，宫中呼为“巢剌王妃”，虽然没有得到封号，但她十分受宠，是长孙皇后去世后唯一一个生下子女的嫔妃，李世民还曾一度萌生立她为皇后的想法。

这件事也是后世诟病李世民的原因之一，认为他霸占弟媳，有违伦常。不过也有学者认为，李唐皇室本就有北方少数民族的血统，他们的生活习惯较中原汉族更为开放，兄纳弟媳是很正常的事。

李建成在玄武门被杀之后，他的儿子也相继被杀，秦王府的将领还准备把李建成和李元吉手下一百多名亲信全部诛杀，并将他们的家产没收官府。

但尉迟敬德提出了反对意见，他认为：“罪孽都是两个元凶所犯，而他们已经伏诛了，倘若还要牵连他们的党羽，就不是谋求安定的做法了！”

于是诸将领停止了追杀，当天，高祖颁布诏书赦天下，叛逆的罪名只加给李建成和李元吉二人，对其余的党羽一概不加追究。

六月初七，高祖立秦王李世民为皇太子，又颁布诏书：“从今天起，军队和国家的各项事务，无论大小，全部委托太子处理和决定，然后再报告给朕。”　

政变之后，原来太子的老班底都主动出来，只有薛万彻逃亡，躲了起来。李世民多次让人去告诉他：“这些人都能够忠于自己所侍奉的人，是义士啊！”都赦免了他们的罪。

六月十二日，高祖任命政变功臣宇文士及为太子詹事，长孙无忌与杜如晦为左庶子，高士廉与房玄龄为右庶子，敬德为左卫率，程知节为右卫率，秦王府旧臣虞世南为中舍人，褚亮为舍人，姚思廉为太子洗马。论及政变的功劳，以长孙无忌和尉迟恭为第一，分别赐绢一万匹。

高祖还特别嘉奖尉迟敬德，慰劳他说：“爱卿对于国家来说有安定社稷的功劳。”把齐王国司的金银布帛器物全部赏赐给尉迟敬德。

当初，太子洗马魏徵经常劝说太子李建成，应该早日除掉秦王，李建成败亡后，李世民传召魏徵，问道：“你为什么挑拨我们兄弟的关系呢？”

大家都为魏徵担惊受怕，魏徵却举止如常地回答道：“如果已故的太子早些听从我的进言，肯定不会有今天的祸事。”

李世民素来器重魏徵的才能，此刻听闻此言，便改变了原来的态度，对他以礼相待，引荐他担任詹事主簿。

李世民还将王圭和韦挺从巂州（治所在今四川西昌）召回，两人和魏徵一起都担任了谏议大夫。至此，李世民集团成员和支持李世民的官员控制了国家的要害部门和职位，完全掌握了全国军政大权。

太子李建成和齐王李元吉的余党流散逃亡到民间，虽然朝廷连续颁布赦免令，他们仍然感到内心不安，图谋侥幸获利的人争相告发捕捉他们，以此邀功请赏。谏议大夫王圭将这种情况告诉了太子李世民。

七月初十，李世民颁布太子令：“六月四日玄武门之变以前与东宫和齐王府有牵连的人、六月十七日以前与李瑗谋反有牵连的人，一概不允许相互告发，对违反规定的人以诬告罪论处。”　

七月十一日，朝廷派遣谏议大夫魏徵安抚崤山以东地区，允许他见机行事。魏徵来到磁州的时候，遇到州县枷送前任太子千牛李志安、齐王护军李思行前往京城。

魏徵说：“我奉命出使的时候，对原来的东宫与齐王府的属官已经一概赦免，不予追究。现在又押送李思行等人，那么谁会不对赦令产生怀疑呢！虽然朝廷为此派遣了特使，又有谁会相信他呢！我不能够因顾虑自身遭受嫌疑，便不为国家考虑。何况我既然被视为国中才能出众的人士而受到礼遇，怎敢不以国中才能出众人士的本色来报答太子呢！”于是，他将李志安等人一律释放，太子李世民得知此事以后甚为高兴。

李世民即位后，于贞观十七年（643）二月廿八日，下令将宫廷画师阎立本所画的辅佐他平定天下、安邦治国的二十四位功臣的画像悬挂于宫中凌烟阁之上，世称这二十四位功臣为“凌烟阁二十四功臣”，其中大部分功臣，都参与当年的“玄武门之变”，但也有一些功臣是原来太子李建成的手下，比如魏徵，也位列凌烟阁功臣之列。　

李世民即位之后，还做了一件大事，那就是给他的政敌谥号，这些人虽然是他的死对头，但同时也是手足兄弟。

太宗即位后，于武德九年（626）十月初一下达诏书，追封已故太子皇兄李建成为息王，谥号为隐，是为息隐王；皇弟齐王李元吉为海陵郡王，谥号为剌，是为海陵剌王，以皇家丧礼重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋门大哭一场，显得十分哀痛。

谏议大夫魏徵、王圭两人上表，请求陪送灵车到安葬地，太宗答应了他们的请求，并命令原东宫和齐王府的幕僚属官都去送葬。

从太宗给两位兄弟的封号和谥号来看，无疑是降低了他们的地位身份：李建成原为皇太子，降为息王（亲王级别），谥号为隐，是中下等谥号；李元吉原为齐王，是亲王级别，后降为郡王级别，谥号为剌，是下等谥号，暗示他“刚愎自用，忘恩负义”。

唐太宗李世民

贞观十三年（639）十二月初七，太宗封庶出皇子李福为赵王，过继给已故皇兄李建成为嗣。贞观十六年（642）六月初六，太宗再次下诏，恢复息隐王李建成皇太子的封号，改封海陵剌王李元吉为巢王，谥号不变，故后世称两人为“隐太子”“巢剌王”。两人生前的身份地位恢复了，但恶谥依然伴随着他们。

太宗去世后，其子李治继位，是为唐高宗。高宗于显庆年间下达诏书，令太宗的小儿子、自己最小的弟弟曹王李明，过继给已故皇叔李元吉为嗣，以保全祭祀和香火不断。