有人劝高祖说：“突厥之所以屡次侵犯关中地区，是由于我们的人口与财富都集中在长安的缘故。如果烧毁长安，不在这里定都，那么胡人的侵犯便会自然平息下来了。”

高祖认为很有道理，便派遣中书侍郎宇文士及越过终南山，来到樊州、邓州一带，巡视可以居留的地方，准备迁都到那里去。

太子李建成、齐王李元吉和裴寂都赞成这一策略，萧瑀等人虽然很清楚不应这样做，但却没有胆量谏阻。

秦王李世民挺身而出，对父亲劝谏道：“北方少数民族为祸中原，这种情况古已有之。陛下凭着圣明英武，创建新王朝，安定中夏，拥有百万精兵，所向披靡，怎么能因有胡人搅扰边境，便连忙迁都来躲避他们，使举国臣民感到羞辱，让后世子孙讥笑父皇呢？当年的霍去病，不过是汉朝的一员将领，尚且决心消灭匈奴，何况儿臣还愧居藩王之位呢！希望陛下给我几年时间，请让我把绳索套在颉利的脖子上，将他逮到宫阙之下。如果到时候不成功，再迁都也为时不晚。”

高祖说：“说得好。”

李建成却说：“当年樊哙打算率领十万兵马踏平匈奴，结果最后还是失败了，秦王该不会是要效仿当年的樊哙吧？”

李世民说：“情况各有区别，用兵的方法也不相同，樊哙那小子有什么值得称道的呢！我敢肯定，不超过十年，定能平定漠北！”

听了李世民的话，高祖取消了迁都的打算，但是，李建成与众多嫔妃等人，联手诬陷李世民说：“虽然突厥屡次在边疆上为祸，但只要他们得到财物就会撤退。秦王假托抵御突厥的名义，实际上是打算总揽兵权，成就他篡夺帝位的阴谋罢了！”　听了李建成的话，高祖对秦王也有了猜忌，不再相信李世民。

还有一次，高祖在京城南面设场围猎，太子李建成、秦王李世民和齐王李元吉都随同一起前往围场。

高祖命令三个儿子骑马射猎，角逐胜负。李建成有一匹胡马，膘肥体壮，但是喜欢尥蹶子。李建成为了谋害李世民，特意将这匹爱尥蹶子的胡马交给了李世民，他还说：“这匹马跑得很快，能够越过几丈宽的涧水。二弟善于骑马，骑上它试一试吧。”

李世民不知是计，他骑着这匹胡马追逐野鹿，胡马忽然尥起后蹶，李世民跃身而起，跳到数步以外站稳，胡马站起来以后，李世民再次骑到马身上，这样的情况连续发生了三次。

李世民回过头来对宇文士及说：“太子打算借助这匹胡马害我，但人的生死自有命运决定，就凭他们能够伤害到我吗？”

李建成听到此言，乘机教唆与他素有奸情的嫔妃在高祖耳边诬陷李世民：“秦王自称：‘上天授命于我，正要让我去做天下的主宰，怎么会白白死去呢！’”高祖最怕别人谋反，而李世民又处处表现突出，嫔妃的这些话正好触犯了高祖的大忌，于是高祖大怒，先将李建成、李元吉两人召来，然后又把李世民召来，责备他道：“谁是天子，上天自然会授命于他，不是人的智力所能够谋求的，你谋求帝位之心怎么这般急切呢！”

李世民听了父亲的斥责，急忙摘去王冠，伏地叩头，请求将自己交付执法部门查讯，证实自己没有说过这种悖逆之话，但是高祖仍然不相信，怒气不息。

适逢此时有关部门来奏，称突厥前来侵扰，高祖知道李世民是一员勇将，这个时候只有李世民才能对付突厥，于是，他这才平息了怒火，让李世民戴上王冠，系好腰带，与他共同商议对付突厥入侵的办法。

武德七年（624）闰七月廿一，高祖颁布诏书，命令李世民与李元吉一起率领兵马由豳州出发抵御突厥，并在兰池为他们饯行。每当发生敌情，高祖总是命令秦王李世民去讨伐敌人，但战事一旦平息以后，高祖对李世民的猜疑却越发加重了。