1947年的除夕之夜，莫高窟皇庆寺后边一排平房中炊烟浓浓，段文杰和几个年轻同事们聚集一块，用简单的自炊伙食欢迎新春。在这间作为办公室的房间里，火苗在烟雾里跳动，使被烟熏黑了的房间明灭可见。人们在灶光下七手八脚，烹调川味小菜辣子炒肉。辣面子和肉都是自己买来的，混在一起，在锅中来回翻动。锅下炉子里烧的是戈壁滩上古河道里的死树枯根。这些千百年来像化石一样的朽木，火力不大，浓烟倒不小，呛得人眼泪直流。一斤辣面子和一斤肉一起炒，实在是地道四川风味。房子里的寒气也似乎被人们的除夕欢乐驱赶了出去。可是这辣子肉也实在太辣，几个人一齐下筷子，最终还是没有吃完。一边吃，一边闲聊横扯，摆龙门阵。慢慢地炉子里的火烬消下去了，寒意复又袭来，环顾左右，段文杰发现一个吃肉的姓钟的同伴出去好长时间未再进来，大家都诧异起来，赶忙到他住的房间去找，只见墙上贴着一张大红纸，画着一个大大的问号。桌子上还点着两支蜡烛。那个年轻人趴在桌子边上抽抽搐搐地在哭。大家心里都明白了几分，劝又劝不住，越劝越哭得伤心。段文杰他们也只好掩了房门，随他去哭，哭出来，总比闷在心里好。一人向隅，众皆愀然。这一来大家的兴致全无，看看天色，早已过了子时，于是大家都回转自己宿舍去睡觉了。第二天起来，熄火的炉子没有一点热气，房子奇冷。眉毛、嘴唇和靠嘴的被头处，都凝结了一层白霜；晚上用过未倒的洗脸水、洗脚水，也都结了一层冰。敦煌地区和西北其他地方一样，家家冬天要生热炕。生炕用的燃料是捡来的干牛马牲口类。热炕生好，房子里也就有了一点温度，不致太冷，可段文杰他们实在不习惯睡热炕，一睡不是头痛，就是腰痛，所以宁愿到处拾枯树枝烧火取暖，也不生炕。

那个叫钟义秋的年轻人过完年就找常书鸿，说他要去杭州读书了，常书鸿给他写了介绍信，让他走了。过了好长一段时间，他给所里来了一封信，说已经考上了杭州艺专，这之后就再也没有联系了。一直到十多年前，段文杰遇到了兰州军区的一个参谋，此人是钟义秋的侄子，从他口中才知道了钟义秋后来的遭遇。原来钟义秋是个地下党成员，到敦煌不想呆了，就回到了杭州，之后被特务盯上，一天到西湖游泳时，不幸被暗算，扔在湖里死去。

当年敦煌的交通也是极不便利的。虽然1947年陈县长让民工修了一条安西到敦煌的车道，而且居然有公共汽车一周开一趟，但开开停停，一旦没有公共汽车，莫高窟基本上就成了沙漠中的孤岛，跟外界断了联系。再说段文杰他们也没有钱经常到外边去转，三五个月不进城已成常事。敦煌研究所成立当初，前文已经交待过，由于财政部官僚主义作风，薪金无处邮寄，害得常书鸿他们勒紧裤带，月月向县财政借钱度日子。及至后来常书鸿重庆跑了一趟，款项才得到了保证。但重庆方面寄来的款子，经过兰州、酒泉、敦煌等地，才能到达研究所。这些地方的银行收到汇款后往往要截留下来，利用它生利息或做投机生意，所以研究所一般是每年收到两次寄款，发两次薪水。会计到城里取出钱，顺便买上烟、酒、纸、布等日常用品和绘画材料，回来后分给大家。这种寄钱方式一直延续到国民党败退前夕。1949年秋，敦煌地方的政治空气已很紧张，没有会计去领汇款，常书鸿就让段文杰跑一趟。段文杰当仁不让。从敦煌城里找了一辆军车，径直奔到酒泉，从酒泉专务分行行长那儿领出了一块四两重的金砖，当时十六两一斤，四两也就是四分之一斤。而研究所那时也人走得差不多了，只有七个人。所以四两金子还是很可观的。段文杰怀里揣了这么大一块金子，兵荒马乱，心里没有底。倒是他灵机一动，先去找到一个相识的照相馆老板处住了一夜，第二天又找了一辆军车，赶回敦煌。当时“国军”溃败，西走新疆，军车还是比较好找。这里“中央直属单位”的牌子又一次起了作用，不过这也是最后一次了。

回到莫高窟，段文杰交了差。常书鸿在县城里又找了一个银匠，把金砖分割开，给大家发了工资。

杜甫说：“烽火连三月，家书抵万金。 ” 40年代敦煌莫高窟中寺后院居住的人们，除了物质上的匮乏外，精神活动上也是很不尽如人意的。信件、报刊迟迟到不了手里。所里有一个老勤杂工，人们戏称作“刘姥姥”。他每月进一次城，除了买些日常生活用品外，还负责取回所里的报刊信函。“刘姥姥”每次回来，人们都眼巴巴地探颈询问：“有没有我的？”他却嬉笑道：“有喚，你老婆子想你那个东西都想疯了！”或者开个别的玩笑。段文杰他们都很喜欢和他攀谈。“刘姥姥”从县城取回的信函，并不是逐一送到收信人手里，他必须先送到皇庆寺常书鸿办公室去。因为有个规定，信函是要由所长过目才能下发，这就引起人们的反感。从这件事上可以看出那时候敦煌艺术研究所里人们的互相猜疑与不信任已开始蔓生。“四川帮”和常书鸿他们的对立也是势所难免了。

1946年至1947年，是敦煌艺术研究所自建所以来最鼎盛时期。历经婚变和事业挫折的常书鸿在以四川国立艺专学生和其他热忱于敦煌艺术的“朝圣者”激励下，建立了新的家庭，又踌躇满志地干了起来。主要工作就是两项：一是进行了对莫高窟的重新编号，二是组织力量进行了较大规模的壁画临摹。而无论是洞窟编号还是壁画临摹，段文杰都发挥了骨干、尖子作用。当时按计划，设了美术组和考古组，但考古组形同虚设，并没有开展什么实际工作，主要活动就落在了以段文杰为组长的美术组肩上。常书鸿1948年在南京、上海展出的600余幅临摹壁画，主要部分是两年来由这批生力军所创作的。

莫高窟壁画溢金流彩，当时的洞窟本身却仄狭幽暗，冬如冰洞，夏似蒸笼，给临摹壁画带来了很大困难。再就是光线问题，只有太阳光平射到洞窟里时，才能用自然光临摹。其余时间非得灯光不可。有些洞窟，整天难以照进日光， 白天也昏暗不清。段文杰回忆道：“我们每天进洞画画，那儿可是我们的极乐世界。在这儿什么都忘了，有时候连吃饭也忘了。我们一直画到天黑，有时点起蜡烛作画。其实有的洞白天也看不清楚。所以我们的画画速度也很快。一月三十几张，每天至少画一张，常所长很满意，因为前一批人在这儿只呆了一年，1945年他们都走了。他们走的时候，把画的画也带走了，所以常所长很生气。对于我们就有了规定，画多少画必须完成你的画业。我们是刚出来的学生，画画也是学技术，所以将全部画都交了公。”段文杰说的每个人一月要交30张以上的临品，并非虚言。这里所说每天至少画一张，是指壁画的局部图。如果是整幅，那就决非一天所能成的。正因为如此，有部分当时的临摹品是比较粗糙的，在举办展览时不得不剔除出来，尽管如此，那段时间总的临摹品还是不错的，因为段文杰他们受过专业培训，具有较强的临摹能力。从管理上看，常书鸿当时采取的全部交公的做法虽则有些武断，但也是可以理解的，因为以前那批人确实有把自己所临摹的画带走的事。最让常书鸿惋惜的是有个叫罗寄梅的记者，他们夫妻俩在敦煌拍摄了3000多张壁画照片，离开研究所时全部拿走了，后来利用这些照片，在美国某大学获得了终身教授称号。段文杰认为这些用研究所经费拍摄的照片，现在看起来由于效果不好价值不高，但对40年代敦煌学的国内研究还是很有用的。

可惜好景不长，一年以后，由于政治动荡，物价飞涨，加之环境之艰苦，和段文杰错前错后来的那批人中的一部分，又一个一个地离去了。先是1945年来的四川省立艺专教授沈福文夫妇走了，再就是钟义秋走了，然后两个国立艺专的学生走了，还有两个行政人员也告辞了。到1949年，研究所只剩下了七个人，敦煌艺术研究所又一次面临崩溃的边缘，而上一次是抗战胜利前夕的1945年。不过，也有好的一面，那就是这些坚持下来的人， 日后都成了所里挑大梁的骨干，从这个意义上讲，敦煌艺术研究所只是暂时压缩了编制，积蓄力量而已。留下的人里除了常书鸿夫妇外，就是段文杰、孙儒僩、黄文馥、欧阳琳、史苇湘等这些所谓“四川帮”了。

1949年初，敦煌城里人心惶惶，谣言四起，通向新疆的大道上逃亡的车辆声、马蹄声不断。敦煌艺术研究所生怕溃兵与土匪袭击莫高窟，于是自我戒备，储备食物，布置岗哨，准备应付不测。还在前一年，莫高窟来了一个美国记者参观，他汉语说得很好，常书鸿让段文杰接待了他。这个记者在洞窟里拍摄了照片，对段文杰等人说国民党不行了，共产党快来了，你们等着吧。后来不长时间，段文杰又接待了一个美国老妇人，她的中文名字叫叶丽华，当时是在中国帮助搞教育的。参观之后，晚上在常书鸿家里休息，看到了常书鸿的女儿常沙娜，夸这个孩子聪明、漂亮、画画得好。于是提出由她出钱带孩子去美国学习。常书鸿当时好像有些犹豫，后来答应了。1948年南京、上海展出后叶丽华就在上海将常沙娜领走了，那次画展上也有相当数量的常沙娜的作品，在社会上引起了一定反响。人们，包括当时国民党政府的宣传渠道，都对画展予以注目和肯定。这也使常沙娜尚未去美国就“包装”了一下。

1950年底，常沙娜回国。据常书鸿说，其原因是“随着在美留学生争取早日回国参加新中国建设的热潮，没有学完就提前回到祖国”。