然而，常书鸿期望“政府”拯救摇摇欲坠的莫高窟的设想，国民党政府无能为力了，因为包括敦煌，甚至更远的新疆，都已政权易手。这个艰巨的修复工程，只能等到15年后由共产党政府来实现了。1948年9月28日，常书鸿又一次敲响了大佛殿上的铁钟，迎接中国人民解放军进入敦煌。而上次敲钟，是庆祝抗战胜利。

几天以后，常书鸿接受敦煌县人民政府的邀请，“荣幸地参加了敦煌县庆祝胜利解放的军民联欢庆祝大会”。据段文杰回忆，常书鸿当时接到邀请信时不敢去，经大家相劝，才前往参加。这个情节应该说是真实的，因为比较符合当时常书鸿的精神状态。试想，一个在国民党统治时期较有名气，从法国回来的文化界人士，怎么能够在一夜之间习惯于扭秧歌和唱“解放区的天是明朗的天”呢？

20天之后发生在敦煌艺术研究所的“接管事件”，证明了常书鸿的“害怕”不无道理。

10月20日，中国人民解放军酒泉军分区接管敦煌艺术研究所，对常书鸿这些人在荒凉的洞窟里的工作有所怀疑，甚至和特务联系起来。当时西部的局势还未完全稳定，土匪出没，所以从搞阶级斗争武装斗争枪杆子里面出政权的思维定势来考虑，怀疑敦煌艺术研究所的性质是无可厚非的，何况这个研究所是国民党政府成立的，各种设施也都是“国货”，就更值得怀疑了。其结果是：所里的发电机、照相机、收音机、绘画和办公用品都被没收、拉走，常书鸿被告知“彻底清点所有财务不准转移，听候发落”。负责接管的韩科长，又一次运用根据地斗争土豪劣绅的办法，发动所里群众给常书鸿提意见。而研究所由于李承仙、常书鸿工作方法以至思想意识和大多数人有异，所形成的矛盾在这种政治环境下明晰起来。当韩科长组织和发动群众给常书鸿提意见，开展批评与自我批评时，常书鸿成了众矢之的，也就是必然的事。大家争着发言，你一言我一语，给常书鸿提了许多意见。常书鸿表面上接受意见，实际上根本想不通，他将此事反映到郭沫若那里，郭沫若当时兼任文教委主任，也熟悉常书鸿，所以这个状一告即胜。酒泉地委书记批评了军分区副司令，并亲自到研究所进行了说明。作为安抚和补偿，他们给研究所带来了小米、棉军服、棉鞋、皮手套，并退还了所有被没收去的物品。沸沸扬扬的研究所，总算是结束了一场风波。

“接管事件”表面上看是解放初期党内两种文化观点的反映，实际上却是敦煌研究所两种思想斗争的第一次交锋。其结果是消极的，给双方都带来了不利于工作的气氛，使阴影在心头难以驱去。对常书鸿的影响可能更大一些，使他对“四川帮”产生了一种莫名的警惕。而研究所里的那些业务骨干们，似乎总是觉得穿在自己脚上的鞋越来越小。尽管双方都是为了一个共同的目标走到一起来了。

“接管事件”的最后解决，也给常书鸿上了一堂生动的社会知识课。一个专业知识分子，仅仅靠知识这张牌，是打不好整局牌的。常书鸿在1949年以前，因敦煌艺术研究所先隶属教育部后隶属研究院，所以在同外部打交道时总有意或无意地举起这把尚方宝剑：“我们是中央单位！”也确实是次次奏效，很能吓人。后来，由于经费问题，他和“中央单位”的大员们也有了接触和交往。1949年以后，由于郭沫若、郑振铎身处文化事业管理的重任上，常书鸿和他们自然地发生了业务关系。这一时期，常书鸿在政治上逐渐成熟，开始和纯业务的书斋式幼稚告别。因此，当敦煌研究所被军管后，他马上想到告状并胜诉。同时，郭沫若一句话就解决了事态的发展的信息，给了他某种启示，促使他把更多的精力放在社会活动上去。然而，权力是会腐蚀人的。在以后政治斗争的风浪中，常书鸿既是权力的受害者，也是某种意义上的参与者。