常书鸿到达敦煌后，随即开始工作。1944年2月，国立敦煌研究所正式成立。

第一件事，就是对完全开放的洞窟建一道围墙。这个构想最初是1943年张大千向甘肃省政府提出的。常书鸿他们也觉得非建不可。因为不设防的莫高窟下层洞窟内外，除了流沙大量淌进来，还有游客的涂鸦及顺手牵羊的偷盗；放牧人羊只对窟前树木的啃咬；去南山的掏金人随意居住窟中烧菜做饭的破坏行为等等。惟一可行的办法就是筑起一道“万里长城来”。当然，围墙长不过千把米，高2米而已，但由于敦煌莫高窟地区沙多土少，人烟稀少，无论在取材、用工方面，都存在很大困难。所以这在当时、当地也算是大工程了。

常书鸿等区区6人，不可能筑起这道围墙，首先是没有钱。时6月，来莫高窟已3个月了，教育部一分钱也未见汇来。所幸敦煌县政府一直借钱给他们， 日子还打发得过去。不得已，常书鸿还得去找父母官：“我又找到县政府，提出先由县里借款动工，汇款一到便还账。那个陈县长，这次竟意料不到地满口答应。”并说此事由他一手包办。

十多天以后，县里果然派来了100多个民工，粮草也随之运到。工人们起早摸黑地干，经过50余天的施工，工程即将完工，不料出现了民工逃跑的事情。“我一了解，才知道了真相。原来这些民工都是县太爷派的公差，没有任何报酬，民工用的粮食、柴草都是各乡民工自备。有些乡村收成不好，被派的穷苦民工带的粮少，吃不饱，活又累，实在饿得难熬，只好私逃回去。这消息使我大吃一惊。该县长的卑劣行径，使我怒不可遏……当我刚刚在保护这些千百年艺术匠师劳动成果的工作中迈出微弱的一步时，美好的愿望却遭受到这个县长可耻的亵渎，变成他投机自肥的赌场，向劳动人民转嫁灾难。 ” 50年后，常书鸿如是说。

其实，常书鸿言之过甚。就是这个陈县长，在常书鸿初至敦煌百废待兴之时，帮了很多忙，筑围墙是其一例，除此而外，县里还修通了敦煌县城至莫高窟的公路，陈某人还送了牲口解决脚力。这在常书鸿回忆录中，记载得明明白白： “1944年研究所成立后，请示甘肃省政府谷主席的同意，由当时敦煌县长陈西谷发动地方民工，开了一条直达千佛洞的汽车路。从安西来的汽车，在离敦煌城10公里的地方，就可以见到一条南行的支路。”“在1944年建所初期，一切都因陋就简，对付着过。为了解决从莫高窟到敦煌县城的交通问题，凭着我们的关系，当时的敦煌县县长陈西谷热情帮助，将法院处理走私鸦片案而收缴的一匹红鬃马送给我们，连同原来买的二头驴子，一头拉车的黄牛共计四头牲口。”附带一提，1945年，常书鸿夜追夫人至玉门，骑的就是陈县长所送的那匹枣红马。

另外，说陈县长不给民工工钱，也实在是书生意气。莫说是40年代敦煌县不可能有这笔开支，君不见50年代的“引洮工程”，不也是采用同样方法征调农工吗？何况常书鸿光从贫困的敦煌县借款，即逾4万元之多，由此可以认为，陈县长是敦煌研究所成立后，第一个以实际行动支持了常书鸿的国民党政府的地方官吏。当然，常书鸿偌大的“教育部”“中央直属”的牌子唬住了县太爷，也有这个因素在内。

围墙一打，虽说不可能将莫高窟上下左右的缺口都挡严实，但毕竟内外有别，干扰锐减。常书鸿又组织人力，开始运用当年王道士发明的“水运法”清除窟内积沙。此外，测绘石窟图，调查窟内内容，给石窟编号，壁画临摹等等工作，也都同时起步。这时，从大后方又陆续来了一些有志于敦煌艺术的国立艺专学生，这使得常书鸿劲头十足，干劲倍增。